Визуализация молекул в JMol

Ниже представлена структура белка рибозо-5-фосфат-изомераза хлоропластов Chlamydomonas reinhardtii¹

JMol-апплет

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре

Имена атомов Длина связи (Å) Угол N-H-O (°)

Альфа-спирали

N(183LEU)-O(179THR) 2.85 161.3

N(184ALA)-O(180LEU) 3.0 166.5

N(180LEU)-O(176HIS) 2.95 161.8

Среднее значение 2.93 163.2

Бета-тяжи

N(257GLY)-O(254GLY) 2.99 157.7

N(254GLY)-O(257GLY) 2.96 161.2

N(259THR)-O(252ILE) 2.84 167.5

Среднее значение 2.93 162.1

Имена атомов	Длина связи (Å)	Угол N-H-O (°)
Альфа-спирали
N(183LEU)-O(179THR)	2.85	161.3
N(184ALA)-O(180LEU)	3.0	166.5
N(180LEU)-O(176HIS)	2.95	161.8
Среднее значение	2.93	163.2
Бета-тяжи
N(257GLY)-O(254GLY)	2.99	157.7
N(254GLY)-O(257GLY)	2.96	161.2
N(259THR)-O(252ILE)	2.84	167.5
Среднее значение	2.93	162.1

Результаты

Из вычислений, представленных в таблице, видно, что длина N-O связи в данных вторичных структурах равна 2.93Å, что совпадает с данными из литературного источника², где приведена длина 3Å.

Угол N-H-О в альфа-спирали равен 163.2, в бета-спирали 162.1. Полученные данные также согласуются с литературным источником ³.

Литература

¹Структура белка на PDB
²Длина водородных связей
³Угол водородных связей