Вторичная структура тРНК, комплекс ДНК-белок

Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Упр.1

С помощью программы einverted пакета EMBOSS была предсказана вторичная структура тРНК (pdb 1N78). Использовались следующие параметры: gap penalty: 5, minimum score threshold: 5, match score: 8, missmatch score: -10.

Результаты сравнения с предыдущими результатами, полученными с помощью find_pairs приведены в таблице ниже:

Участок структуры	Позиции в структуре по find_pair	Результаты с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5'-501...507-3' 5'-566...572-3' 7 пар	Предсказано 4/7	7/7
D-стебель	5'-510...513-3' 5'-522...525-3' 4 пары	Предсказано 1/5	5/4
T-стебель	5'-549...553-3' 5'-561...565-3' 5 пар	Предсказано 4/5	5/5
Антикодоновый стебель	5'-538...544-3' 5'-526...532-3' 7 пар	Предсказано 5/7	5/7
Общее число канонических пар нуклеотидов	23 пары	14 пар	22 пары

Упр.2

С помошью программы RNAfold была предсказана вторичная структура по алгоритму Зукера. Результат показан ниже

Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

В данном задании рассмотрен комплекс ДНК-белок эндонуклеазы с субстратом (pdb 1i3j)

Упр.1

Скрипт

Упр.2

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	12	70	82
остатками фосфорной кислоты	21	27	48
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	0	2	2
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	9	12	21

Упр.3

С помощью nucplot была получена схема ДНК-белковых контактов. результат представлен ниже

Упр.4

Больше всего контактов с ДНК образуют следующие аминокислотные остатки: Arg168, Ser176, Asn175, Met194, Pro199.

Ниже проиллюстрированы некоторые контакты с ДНК. Серин176 образует две водородные связи с ДНК: с дезоксирибозой 48 нуклеотида и с азотистым основанием (цитозином) 47 нуклеотида. Аспарагин175 образует две связи с фосфатами двух соседних нуклеотидов (7 и 8).