Сигналы и мотивы

Задание 1.

В нашей лаборатории мы используем двойную репортерную систему pDualrep2. Она была создана из плазмиды pRFPCER-TrpL2A:
1. промотор Т5 гена красного флуоресцентного белка (RFP) был заменен на промотор гена sulA
2. ген лазурного флуоресцентного белка удалили и вставили ген флуоресцентного белка Katushka2S

Промотор гена sulA - адресован системе SOS-ответа E.coli. Сигнал высоко эффективный, так как активация промотора и последующий синтез гена sulA приводит к быстрому прекращению деления клеток и появлению длинных филаментов без перегородок [1].

В нашей же лаборатории с помощью промотора sulA перед геном RFP в pDualrep2 мы можем видеть красный сигнал, если у клеток есть устойчивость к антибиотикам, вызывающим SOS-ответ.

Задание 2.PWM для последовательности Козак человека

Для построения позиционной весовой матрицы я использовала скрипт.

Сначала из данной таблицы случайно были выбраны 100 генов человека, вырезаны в формате: 7 нуклеотидов до ATG, ATG, 3 нуклеотида после ATG. Затем из них были созданы файлы:
kozak-learn.fasta(n = 40), и kozak-test.fasta(n = 60)

На основе файла kozak-learn.fasta было построено выравнивание без гэпов, затем построены pwm и ic.
средний вес положительного контроля 5.243
средний вес отрицательного контроля 1.459
p-value 3.08e-12
ic сигнала 9.49
p-value довольно низкое, средний вес положительного контроля заметно больше отрицательного. Можно предположить, что последовательность Козак специфична для старт-кодона.

С помощью WebLOGO 3 было постороено logo