В этом практикуме я выбрала семейство белков xRRM.
Описание семейства:
AC (Pf-номер): PF19977
ID: xRRM
Название: xRRM domain
Число последовательностей (seed): 39
Число последовательностей (full): 166
Число доменных архитектур: 7
RRM (RNA recognition motif) - домены, которые связывают одноцепочечные РНК. Белки, выполняющие связывание РНК, играют важную роль трансляции мРНК, сплайсинге и многих других клеточных процессах.
xRRM - домен, который связывается с РНК нетипичным для RRM способом. Выбранный мной домен не имеет консервативных последовательностей распознавания одноцепочечной РНК - RNP1 и RNP2, расположенных на β-листе, также у xRRM существует дополнительная α-спираль. Данный домен был обнаружен в эукариотических клетках [1].
Из Pfam мной были скачаны аминокислотные последовательности домена из блока seed. Затем было построено выравнивание в Jalview.
В этом выравнивании достоверными блоками являются: 7-22; 61-74; 151-164. Полностью консервативные участки (столбцы): 7; 22; 61; 63; 66; 74; 117; 151; 154; 157; 158; 164.
Список литературы