В данном практикуме был предложен анализ одного из белков бактерии Xanthomonas fragariae (taxonomy_id: 48664).
В UniProtKB для бактерии X. fragariae при поиске белков было предложено 3907 результатов. Для рассмотрения мной был выбран белок с AC: A0A1Y6GV48. Белок был выбран, исходя из его аннотированности (4/5).
Название: бифункциональный белок GlmU. Ген, который кодирует этот белок - glmU. Этот двудоменный фермент выполняет катализ двух последовательных реакций синтеза de novo уридин-дифосфат-N-ацетилглюкозамина.
Схема реакций:
1. C-концевой домен катализирует перенос ацетильной группы с ацетил-КоА на глюкозоамин-1-фосфат с образованием кофермента A и N-ацетил-1-глюкозамин-фосфата.
2. Затем N-концевой домен осуществляет катализ переноса уридин-5-монофосфата (из уридин-5-трифосфата) на N-ацетил-1-глюкозамин-фосфат с образованием уридин-дифосфат-N-ацетилглюкозамина.
В таблице 1 показан размер трёх кластеров (UniRef100, 90 и 50). Кластер со 100% схожести включает непосредственно последовательность белка GlmU из Xanthomonas fragariae. Наиболее многочисленный кластер - UniRef50. Исходя из данных о количестве записей в этом кластере, можно сделать вывод, что выбранный белок консервативен.
| UniRef | Количество белков в кластере |
|---|---|
| UniRef100 | 1 |
| UniRef90 | 259 |
| UniRef50 | 1533 |
1. Для начала я решила проверить, встречается ли данный белок у вирусов. Для этого был введён запрос
(gene:glmU) AND (taxonomy_name:viruses)
Поиск выдал 4 результата, каждый вирус являлся бактериофагом (при этом три фага поражают Escherichia coli.
2. Далее я решила проверить, сколько бактерий имеет GlmU, запрос -
(gene:glmU) AND (taxonomy_name:bacteria)
Было получено 33316 результатов, это может означать, что исследуемая трансфераза имеет большее значение в организме бактерий, чем вирусов.3. Ещё один поисковый запрос -
(protein_name:Bifunctional protein GlmU) NOT (taxonomy_id:48664)
позволил узнать, какое количество организмов, кроме X. fragariae обладает данным белком. В результате было получено 34551 запись. Если посмотреть(protein_name:Bifunctional protein GlmU) AND (taxonomy_name:Xanthomonas)
то для бактерий рода Xanthomonas найдётся 174 результата. При этом для(gene:glmU) AND (taxonomy_name:Xanthomonas)
находится 179 записей, возможно, у каких-то бактерий одного и того же рода ген glmU кодирует не N-ацетилтрансферазу.