Практикум 3
ДНК-лигаза в комплексе с ингибитором
В данном практикуме было предложено исследовать молекулу с идентификатором PDB – 4GLW. Это ДНК лигаза А в комплексе с ингибитором, катализирующая образование фосфодиэфирных связей между 5'-фосфорильными и 3'-гидроксильными группами в двухцепочечной ДНК с использованием НАД(+) в качестве кофермента и источника энергии для реакции. Фермент важен для репликации ДНК и восстановления поврежденной ДНК.
Структура в целом
- Представленная макромолекула – белок.
- В структуре белка присутствуют две одинаковые цепи (A и B).
- В одну биологическую единицу входят две цепи.
Отдельные цепи
1. Цепь A:
2. Цепь B:
Малые молекулы
1. NMN (beta-Nicotinamide ribose monophosphate)
2. 0XT (7-methoxy-6-methylpteridine-2,4-diamine)
3. SO4 (sulfate-ion)
4. HOH (water)
Внутримолекулярные взаимодействия
В 5 практикуме было предложено исследовать внутримолекулярные химические взаимодействия ДНК-лигазы A. Жёлтым пунктиром были обозначены связи, расстояния в ангстремах между атомами отображены числами на пунктирной линии.
