Алгоритмы BLAST

Для выполнения практикума были выбраны вирусы: Feline leukemia virus (NC_001940.1) и Koala retrovirus (NC_039228.1).

Оба вируса относятся к роду Gammaretrovirus из семейства Retroviridae.

Feline leukemia virus приводит к образованию лимфом у кошек, Koala retrovirus вызывает у коал синдром иммунодефицита.

Для нахождения этих геномов я использовала Genome NCBI, затем перешла на страницу Browse by Organism. Дальше были установлены фильтры на хромосомную и полную сборку.

Рассмотрим результаты алгоритмов BLAST (blastn и megablast) с настройками по умолчанию:

Рис. 1. Результат выдачи <i>megablast</i>.
Рис. 1. Результат выдачи megablast. Вертикальная ось - Koala retrovirus, горизонтальная ось - Feline leukemia virus
Рис. 2. Результат выдачи <i>blastn</i>.
Рис. 2. Результат выдачи blastn. Вертикальная ось - Koala retrovirus, горизонтальная ось - Feline leukemia virus

По результатам алгоритма megablast можно сказать, что только небольшой участок обладает высокой консервативностью у двух выбранных последовательностей. График при использовании blastn более информативен, на графике присутствуют небольшие разрывы, где находятся негомологичные участки, но blastn выявил гораздо больше сходств, чем megablast.