Комплексы ДНК-белок и предсказание вторичной структуры тРНК
Задание I
Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов
Предложенная для исследования тРНК имеет PDB_ID: 1o0b. В первом задании необходимо было получить данные о реальной вторичной структуре заданной тРНК. Сравним выдачи программ, предсказывающих вторичную структуру тРНК: einverted (пакет EMBOSS), find_pair, RNAfold - предсказание вторичной структуры по алгоритму Зукера (пакет ViennaRNA).
Был изменён параметр treshold с 10 на 0, потому что при параметрах, заданных по умолчанию, программа не выдавала результата.
С помощью einverted найден один инвертированный повтор:
SEQUENCE: Score 18: 6/6 (100%) matches, 0 gaps
1 ggggta 7
||||||
69 ccccat 64
Предсказание вторичной структуры тРНК с помощью алгоритма Зукера
С помощью алгоритма Зукера (сайт) также можно предсказывать вторичную структуру тРНК. Результат представлен на рисунке 1.
Сравнение программ по предсказанию вторичной структуры тРНК приведено в таблице 1.
| Участок структуры | find_pair | einverted | RNAfold (алгоритм Зукера) |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 5'-902-907-3'
5'-966-971-3'
6 пар |
6 пар из 6 | 6 пар |
| D-стебль | 5'-910-912-3'
5'-923-925-3'
3 пары |
3 пары | |
| T-стебель | 5'-949-953-3'
5'-961-965-3'
5 пар |
5 пар | |
| Антикодоновый стебель | 5'-926-933-3'
5'-937-944-3'
7 пар |
5 пар | |
| Общее число представленных в стеблях канонических пар нуклеотидов | 17 | 6 | 19 |
Задание II
Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
В этом задании необходимо было найти ДНК-белковые контакты в структуре с PDB_ID: 1p47. Для этого определены следующие множества атомов:
Скрипт с определением множеств.
Результаты описания полярных и неполярных ДНК-белковых контактов с помощью скрипта представлены в таблице 2:
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 1 | 18 | 19 |
| остатками фосфорной кислоты | 0 | 6 | 6 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 18 | 20 | 38 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 1 | 1 |
Nuclplot
С помощью программы nucplot (на kodomo) был получен файл со схемой ДНК-белковых контактов.
На схеме построенной nucplot контакты можно наблюдать, что одним из остатков, имеющих наибольшее количество контактов c ДНК, является Arg124(A). Аминокислота взаимодействует с двумя азотистыми основаниями, поэтому это одна из важных для распознавания аминокислот (Рисунок 2).
.png)