Банки нуклеотидных последовательностей

Задание I

Сборка генома Vulpes vulpes

Лисица - животное, которое встречается в культуре многих народов мира. Люди с давних времён сочиняли различные мифы, басни и сказки об этом существе, приведу несколько литературных произведений о лисах:
Рис. 1. "Лиса и виноград" (иллюстрация англиского издания «Эзоп для детей», 1919 год, художник Майло Винтер).
Рис. 1. "Лиса и виноград" (иллюстрация англиского издания «Эзоп для детей», 1919 год, художник Майло Винтер).
Рис. 2. «Рейнерт или Лис в человеческом обличии» (иллюстрация к поэме люксембургского писателя Мишеля Роданжа, 1869 год, художник Эрнест Гризе).
Рис. 2. "Рейнерт или Лис в человеческом обличии" (иллюстрация к поэме люксембургского писателя Мишеля Роданжа, 1869 год, художник Эрнест Гризе).
Рис. 3. «Изумительный мистер Лис» (обложка первого издания к сказке английского писателя Роальда Даля).
Рис. 3. "Изумительный мистер Лис" (обложка первого издания к сказке английского писателя Роальда Даля).

Обыкновенная лисица (лат. Vulpes vulpes, англ. Red fox) - хищное млекопитающее семейства псовых (Canidae), наиболее распространённый и самый крупный вид рода лисиц.

Рис. 4. Обыкновенная лисица (<i>Vulpes vulpes</i>).
Рис. 4. Изображение обыкновенной лисицы (Vulpes vulpes, англ. Red fox).

В NCBI Genome по запросу "Vulpes vulpes (red fox)" была обнаружена одна сборка генома (VulVul2.2). Данная сборка является референсной (т.е. высокого качества, отобранная вручную. Может служить стандартом для сравнения и анализа геномов других организмов того же вида).

Качество этой сборки на уровне Chromosome (эта последовательность может принадлежать как одной, так и нескольким хромосомам. Данная хромосома или полностью секвенированная хромосома (без гэпов), или хромосома, которая содержит скэффолды или контиги (с наличием гэпов между ними). Кроме этого в сборке могут быть обнаружены нелокализованные скэффолды. Информация взята из файла: Assembly_summary.

Задание II

Характеристика сборки

Ниже в Таблице 1 приведены некоторые характеристики выбранной геномной сборки.

Список определений:

Идентификатор GenBank GCA_003160815.1
Идентификатор NCBI RefSeq GCF_003160815.1
Общий размер генома 2.4 Gb
N50 скэффолдов 12.5 Mb
L50 скэффолдов 55
N50 контигов 55.5 kb
L50 контигов 12,033
Таблица 1. Характеристики сборки.

Задание III

Некоторые файлы с информацией о сборке

С той же страницы NCBI (VulVul2.2) были скачаны следующие файлы: