Филогенетические деревья

Отобранные бактерии

Название Мнемоника
Pasteurella multocida PASMU
Shewanella denitrificans SHEDO
Burkholderia mallei BURMA
Polynucleobacter asymbioticus POLAQ
Thiobacillus denitrificans THIDA
Neisseria meningitidis NEIMA
Bartonella henselae BARHE
Таблица 1. Отобранные бактерии и их мнемоники.

Скобочная формула дерева

(((PASMU, SHEDO), (((BURMA, POLAQ), THIDA), NEIMA)), BARHE);

Изображение дерева

Рис. 1. Визуализация дерева отобранных бактерий при помощи iTOL.
Рис. 1. Изображение филогенетического дерева отобранных бактерий при помощи iTOL.

Нетривиальные ветви

Дерево содержит четыре нетривиальные ветви:

1. {BARHE, NEIMA, THIDA, POLAQ, BURMA} против {SHEDO, PASMU}

2. {BARHE, SHEDO, PASMU, NEIMA, THIDA} против {POLAQ, BURMA}

3. {BARHE, SHEDO, PASMU, NEIMA} против {THIDA, POLAQ, BURMA}

4. {BARHE, SHEDO, PASMU} против {NEIMA, THIDA, POLAQ, BURMA}

Практикум 2

Название Мнемоника Таксономия
Pasteurella multocida PASMU cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Pasteurella
Shewanella denitrificans SHEDO cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Shewanellaceae; Shewanella
Burkholderia mallei BURMA cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; pseudomallei group
Polynucleobacter asymbioticus POLAQ cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Polynucleobacter
Thiobacillus denitrificans THIDA cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Nitrosomonadales; Thiobacillaceae; Thiobacillus
Neisseria meningitidis NEIMA cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria
Bartonella henselae BARHE cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Alphaproteobacteria; Hyphomicrobiales; Bartonellaceae; Bartonella
Таблица 1. Таксономия выбранных бактерий.

Нетривильные ветви и таксоны:

1. {BARHE, NEIMA, THIDA, POLAQ, BURMA} - (класс Betaproteobacteria, за исключением Bartonella henselae, которая относится к классу Alphaproteobacteria) - против {SHEDO, PASMU}

2. {BARHE, SHEDO, PASMU, NEIMA, THIDA} - (BARHE: класс Alphaproteobacteria, SHEDO, PASMU: класс Gammaproteobacteria, NEIMA, THIDA: класс Betaproteobacteria) - против {POLAQ, BURMA}

3. {BARHE, SHEDO, PASMU, NEIMA} - (BARHE: класс Alphaproteobacteria, SHEDO, PASMU: класс Gammaproteobacteria, NEIMA: класс Betaproteobacteria) - против {THIDA, POLAQ, BURMA}

4. {BARHE, SHEDO, PASMU} - (BARHE: класс Alphaproteobacteria, SHEDO, PASMU: класс Gammaproteobacteria) - против {NEIMA, THIDA, POLAQ, BURMA}

Рис. 2. Таксоны бактерий.
Рис. 2. Таксоны бактерий.

Таксоны, выделяемые нетривиальными ветвями дерева:

1) Gammaproteobacteria - {SHEDO, PASMU}

2) Betaproteobacteria - {NEIMA, THIDA, POLAQ, BURMA}

3) Burkholderiales - {POLAQ, BURMA}