Научные работы Дарии Португальской | Обучение | Второй семестр | Работы | Базы последовательностей белков
Белок periplasmic phosphate binding protein.
В таблице №1 приведены данные о белке
Таблица №1
Информация о периплазматическом фосфат-связывающем белке из организма Rhodopseudomonas palustris CGA009 (идентификатор белка в базе данных RefSeq NP_950114.1)
| Вид информации | Квалификатор в записи генома | Значение |
| Локус гена в геноме | /locus_tag | pstS1 |
| Имя гена | /gene | RPA4780(8)?! |
| Идентификатор гена в базе Gene | /db_xref="GeneID ... | 2690085 |
| Начало гена в геноме | — | 5395079 |
| Конец гена в геноме | — | 5396089 |
| На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) | — | Обратная |
| Длина гена (в парах нуклеотидов) | — | 1011 |
| Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein | /protein_id | NP_950114.1 |
| Длина белка (в аминокислотных остатках) | — | 336 |
Информация в различных базах данных
Таблица идентификаторов
| База данных | Идентификаторы |
| Uniprot (ID) | Q6N0I2_RHOPA |
| Uniprot (AC) | Q6N0I2 |
| Uniref 50 | Uniref¬50_ Q6N0H4 |
| RefSeg Proteins | NP_950114.1 |
| PDB | 1IXN |
Сравнение первой и последней версий записи в Uniprot
Первая версия была создана 2004-07-05, последняя (61) была создана 2015-04-01
Комментарии некоторых произошедших изменений
1) 23 ссылки были добавлены на другие базы данных (DR)
2) добавлены 3 комментария: функция, субъединица, сходство (CC)
3) добавлены 5 строк с ключевыми словами для возможности поиска этого белка по функции и другим категориям были добавлены (KW)
4) идентификатор белка был изменен с Q6N0I2 на Q6N0I2_RHOPA (ID)
5) Во многих строках были добавлены ссылки на достоверность источника информации в {}, например: (DT;GN)
Сравнение записи Uniprot моего белка с записями гомологов
Таблица №3
Отражение особенностей белка в записи Uniprot
FT CHAIN 1 419 Pyrrolysine--tRNA ligase.