Введение в PyMOL

Проведение мутации

Средствами Tcl/Tk интерфейса (Wizard->Mutagenesis) была проведена мутация в белке из записи PDB 1LMP. Предварительно были выделены атомы белка, образующие водородные связи с частью лиганда. Была проведена мутация аминокислоты Asn-46 до Gly 1LMP_mut, что, вероятно, может ухудшить связывание с лигандом.

Зелёные углероды принадлежат лиганду, серые - белку, розовые - остатку Asn-46.

Создание анимационного ролика

Был создан анимационный ролик где происходит совмещение белков и показывается место мутации.'

Скрипт, создающий ролик в PyMOL (требует наличие выше указанных файлов 1lmp.pdb и 1lmp_mut.pdb): mut_movie.pml.

Готовый ролик MPEG: mov.mpg.

Валентика

Создана поли-аланиновая последовательность в форме валентинки, за счёт изменения торсионных углов в режиме Editing.

PDB файл

Cкрипт для построения поли-аланиновой-альфа спирали длинной 100 аминкислот.

Cкрипт для построения B-формы ДНК длинной 100 пар нуклеотидов (шаблон участка берётся из файла PDB 2L8Q, который должен лежать в той же директории, что и скрипт).