Анализ PDB-файла
HEADER HYDROLASE 08-MAR-01 1I78TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF OUTER MEMBRANE PROTEASE OMPT FROM
TITLE 2 ESCHERICHIA COLI
Поле HEADER содержит класс белка, дату создания файла и идентификатор белка, принятого в PDB базе данных. А поле TITLE - полное название белка, включая имя организма, из которого этот белок выделен. Перевод названия: кристалическая структура внешней мембранной протеазы Ompt из Escherchia coli.
Поле COMPND содержит уже известную мне информацию о названии белка и синонимах. В этом поле также есть до этого не представлявшуюся информацию, как-то: о том, что этот белок был получен методами генной инженерии, что он состоит из двух субъединиц. Есть совершенно непонятная мне строка: "EC: 3.4.21.87;".
Сравнив содержимое поля SEQRES с последовательностью своего белка, я обнаружил, что в нём две цепи имеют одинаковые последовательности, только одна из них начинается с 21 аминокислоты, другая - с 31. Вероятно, это связано с погрешностями в эксперименте (либо "хвост" белка на кристализуется, либо слишком подвижен, либо что-то ещё).
В поле HET написаны лиганды в трёхбуквенном обозначении и как-то связанные с ними числа. В поле HETNAM представлены полные названия лиганд. В поле FORMUL записаны молекулярные формулы лиганд и их количество в структуре данного белка.
