Работа с записью 1KMY банка PDB
На сайте RCSB (http://www.rcsb.org/) был получен PDB-файл записи 1KMY (1KMY.pdb).В структуре присутствует ион двухвалентного железа, что определено по полю HETNAM.
C помощью PyMOL было сохранено изображение данного иона, включая остатки и лиганды,
связанные с ионом координационными связями (то есть имеющие атомы, которые находятся
на растоянии не более 3.5 ангстрем от данного иона).
BPY - это BIPHENYL-2,3-DIOL или бифенил-2,3-диол (поле HETNAM).
Работа с записью 1GT0 банка PDB
Получен файл 1GT0.pdb.
Структура расшифрована в 2002 году. Разрешение 2.6 ангстрем.
Изучение участка цепи C c 75 по 100 остатки показало, что
в данном файле пропущен участок с 78 по 96 остатки.
Любопытно, что в поле REMARK имеется запись под названием MISSING RESIDUES
(пропущенные остатки), но
в ней не указан ни один пропущенный остаток.
Изображение с имеющимися остатками участка:
Работа с записью 2B5A банка PDB
Получен файл 2B5A.pdb.
Структура расшифрована в 2005 году. Разрешение 1.54 ангстрем.
Запись содержит четыре идентичные полипептидные цепи. При изучении
остатков с номерами 21 выяснилось, что это остатки глутамина. Кроме того
некоторые атомы остатка в цепи C указаны в двух экземплярах с разными координатами.
Вероятно, это говорит о том, что в кристаллах этот остаток имел 2 варианта расположения.
В названиях этих атомов на месте четвёртого символа стоит буква A либо B,
отвечающая за вариант расположения остатка (например, 'CB A' и 'CB B'). Но снова
в поле REMARK не нашлось информации об этой странности и вообще о данных остатках.
Изображение "двойного" остатка:
Создание скрипта для PyMOL
Создан скрипт для PyMOL, результат работы которого - изображение в графическом окне, иллюстрирующее отчёт по предыдущему упражнению ('Работа с записью 2B5A банка PDB').Скрипт: gln21.pml
load 2b5a.pdb hide all select sel, c/21/ show sticks, sel util.cbaw sel orient sel ray |
(*) Первые впечатления от PyMOL
На первый взгялд, PyMOL не уступает RasMol. При этом имеет некоторые преимущества.- Более богатые возможности визуализации, регулируемые мышью (например, 'Clip' и другие пункты в таблице управления мышью).
- Возможность создавать изображения высокого качества.
- Возможность писать команды в графическом окне.
- Возможность вставлять текст в командную строку сочетанием клавиш "Ctrl+V".
- Наличие панели для выполнения при помощи мыши различных операций с определёнными множествами, а также с выбранным в данный момент множеством.
- Наличие контекстного меню для выбранных элементов структуры.