Статья про структуру белка MNTR_BACSU
Ссылка на статью
Информация о гомлогах белка MNTR_BACSU (PDB ID = 1ON1)
С помощью BLAST был произведен поиск гомологов белка MNTR_BACSU по банку PDB.
Было выбрано 6 гомологов с разными значениями E-value.
См. полученную таблицу.
Краткое описание исследуемого белка
В статье опубликовано две структуры. Одна имеет PDB ID - 1ON1 - регулятор транспорта ионов марганца сенной палочки, вторая структура - 1ON2 - член семьи репрессора дифтерийного токсина. белков
Разрешение структурв - 1,75 Å (были взяты все значения в диапазоне 40,5 - 1,75 Å)
Фазовая проблема решена методом молекулярного замещения
Rcryst(%) = 21,6
Rfree(%) = 24,6
Rcryst = ∑ h||Fo-Fc||/∑ h|Fo| ,
где Fo и Fc наблюдаемые и подсчитанные структурные факторы, соответственно для рефлекса h
Rfree - это Rcryst, вычесленный для 5% данных не использованных при уточнении структуры.
Построение выравнивания полной последовательности белка (из Uniprot) и белка, представленного в PDB файле.
В pdb указано две цепи белка - А и В. В банке Uniprot - одна.
С помощью JalView было построено выравнивание этих последовательностей.
Картинка с выравниванием в GenDoc:
Видно, что последовательности идентичны.
© Евсютина Даша