Банки нуклеотидных последовательностей
1. Геном организма
Аксолотль мексиканской амбистомы (Ambystoma mexicanum) относится к классу амфибий. Аксолотль - личинка амбистомы, способная к размножению (т.е. проявляющая свойство неотении). В NCBI Genome при помощи Browse by organism по запросу "axolotl" (равно как и по запросу "ambystoma") находятся 2 сборки. Подробнее рассмотрим сборку GCA_002915635.1.
| Общая длина сборки | 32,393,605,577 |
| Количество скэффолдов | 125,724 |
| Количество контигов | 891,205 |
| Контиг N50 | 216,366 |
| Контиг L50 | 35,791 |
| Число аннотированных белков | - |
| Публикация | Nowoshilow S et al., "The axolotl genome and the evolution of key tissue formation regulators.", Nature, 2018 Jan 24;554(7690):50-55 |
| Последовательность контига | - |
2. Ключи, используемые в таблицах особенностей
| Ключ | Описание | Пример |
| centromere | координаты центромеры (участка хромосомы, где связываются сестринские хроматиды) |
centromere 809245..811716 (NC_004328.3) |
| operon | оперон (несколько последовательно расположенных генов, участвующих в одном и том же процессе) |
operon 250..2406
/operon="terminase"
(NC_011046.1) |
| polyA_site | сайт РНК, к которому в ходе посттранскрипционной модификации будет пришиваться полиА-хвост |
polyA_site 647
/gene="Atp5j"
/gene_synonym="Atp5pf; CF6"
(NM_001358500.1) |
| precursor_RNA | незрелая РНК (например, с невырезанными интронами) |
precursor_RNA 23262..23368
/gene="MIR5004"
/gene_synonym="mir-5004"
/product="microRNA 5004"
/transcript_id="NR_049800.1"
/db_xref="GeneID:100847012"
/db_xref="HGNC:HGNC:43532"
/db_xref="miRBase:MI0017870"
(NG_016137.2) |
| ncRNA | не белок-кодирующий ген, функционирующий в форме РНК, при этом не являющийся геном тРНК или рРНК |
ncRNA 23282..23303
/ncRNA_class="miRNA"
/gene="MIR5004"
/gene_synonym="mir-5004"
/product="hsa-miR-5004-5p"
/db_xref="miRBase:MIMAT0021027"
/db_xref="GeneID:100847012"
/db_xref="HGNC:HGNC:43532"
/db_xref="miRBase:MI0017870"
(NG_016137.2) |
| rep_origin | ориджин (место начала репликации) |
rep_origin 2735..3571
/note="p15A origin"
(MH101740.1) |
| telomere | участок теломеры |
telomere complement(1..7223)
/db_xref="SGD:S000028933"
(NC_001148.4) |
3. Массовый геномный проект
Проект 1002 генома дрожжей начался в 2013 году и завершился в 2015. В ходе проекта было секвенировано 1011 геномов дрожжей Saccharomyces cerevisiae . Проект проводился во Франции коллективами из Университета Страсбурга и Института Исследования Рака и Старения в Ницце в сотрудничестве с Французским Национальным Центром Секвенирования Genoscope и был финансирован организацией France Genomique. Saccharomyces cerevisiae - важный модельный объект, и авторы проекта стремились получить наиболее полные данные по генетическому разнообразию данного вида дрожжей. Они секвенировали грибы из разных точек планеты и занимающих разные экологические ниши ( ссылка). Публикации по проекту можно посмотреть здесь. Последняя из них - Comprehensive survey of condition-specific reproductive isolation reveals genetic incompatibility in yeast [Jing Hou et al. 2015].
4. Митохондриальные гены
Поиск проводился по ENA. Текст запроса: "mol_type="genomic DNA" AND topology="CIRCULAR" AND organelle="mitochondrion" AND tax_tree(6073)". В Release оказалось 178 находок, в Update - 59. Для анализа была выбрана Anemonia viridis (бороздчатая анемония). Фото из Википедии:
AC: KY860669
© Быкова Даша, 2018