Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

При помощи программы blastp в бактериях из предыдущего практикума были найдены гомологи белка CLPX_ECOLI (e-value < 0.001). Последовательности найденных гомологов были выровнены при помощи MUSCLE, затем по ним в MEGA7 было построено дерево методом максимального правдоподобия (ML).

Дерево из предыдущего практикума:

Дерево гомологов ClpX:

На дереве в красные прямоугольники заключены ортологичные белки. Звёздами отмечены паралоги. Красные молнии - примеры событий дупликации, зелёные - разделение путей эволюции белков в результате видообразования.