1. Работа с KEGG PATHWAY

Общие сведения о биосинтезе лизина

Лизин - незаменимая аминокислота у животных, в то время как растения, бактерии и грибы умеют его синтезировать. В природе встречаются два альтернативных пути биосинтеза лизина: из L-аспартата и α-кетоглутарата. Первый путь характерен для прокариот и растений, похожим образом синтезируются некоторые другие аминокислоты (например, треонин, серин, метионин). Второй путь найден в некоторых дрожжах, а также высших грибах. В альгологии и микологии путь биосинтеза лизина является важной характеристикой для классификации организмов.

Лизин в первую очередь нужен для синтеза белков. В клетке он положительно заряжен, поэтому в белках часто торчит наружу, за счёт ϵ-аминогруппы зачастую образует водородные связи и солевые мостики. Помимо этого, лизин принимает участие в гистоновых модификациях, образует сшивки между коллагеновыми полипептидами, участвует в метаболизме жирных кислот и, возможно, имеет ещё какие-то неизвестные доселе функции [источник - английская Википедия] .

На приведённой ниже карте отчётливо прослеживаются два пути, встречающиеся на конечном веществе - L-лизине.

Карта в базе данных KEGG: map00300

На карте данного метаболического пути подчёркнуты вещества, через которые он связан с другими путями по данным базы KEGG. Связь может быть объяснена двумя способами: либо возникшее в ходе данного пути вещество может быть использовано в другом пути (например, полученный L-лизин может в дальнейшем участвовать в биосинтезе некоторых алкалоидов), либо для данного пути небходимо вещество, полученное в другом пути (например, ацетил-КоА получается в ходе гликолиза). Названия путей, связанных с биосинтезом лизина, написаны в скруглённых прямоугольниках.

2. Работа с KEGG REACTION

Выбранная реакция: Homoisocitrate + NAD+ <=> 2-Oxoadipate + CO2 + NADH + H+

Ссылка на базу данных (id = R01934)

Запись реакции со структурными формулами (из гомоизоцитрата получается 2-оксоадипат):

Карта пути с выделенной реакцией (красным выделены id ферментов, участвующих в прямой и обратной реакциях):