Таблица. Измерение торсионных углов остатка Leu10 в белке PERR_BACSU, цепь А
|
Название
двугранного угла |
Угол определяется по координатам атомов
(обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol, в скобках - название атома) |
Данный угол описывает
поворот вокруг связи |
Результат измерения
с помощью RasMol |
| φ |
1.ALA9:A.C (карбонильный углерод 9-ого остатка цепи А) 2.LEU10:A.N (азот 10-ого остатка цепи A) 3.LEU10:A.CA (углерод 10-ого остатка цепи А) 4.LEU10:A.C (карбонильный углерод 10-ого цепи А) |
Ni - Cαi | -62.87 |
| ψ |
1.LEU10:A.N (азот 10-ого остатка цепи A) 2.LEU10:A.CA (углерод 10-ого остатка цепи А) 3.LEU10:A.C (карбонильный углерод 10-ого цепи А) 4.GLU11:A.N (азот 11-ого остатка цепи A) |
Cαi - Ci | -34.83 |
| ω |
1.LEU10:A.CA (углерод 10-ого остатка цепи А) 2.LEU10:A.C (карбонильный углерод 10-ого цепи А) 3.GLU11:A.N (азот 11-ого остатка цепи A) 4.GLU11:A.CA (углерод 11-ого остатка цепи А) |
Ni - Ci+1 | 177.14 |
Схема для расчета торсионного угла &phi
Карта Рамачандрана
Посмотрев на первую диаграмму нетрудно заметить, что для всего белка характерно сгущение точек в двух рядом лежащих областях. Посмотрев на диаграмму торсионных углов для пролинов, видно, что углы φ лежат в диапазоне [-60,-90], а углы ψ лежат в диапазоне [-30,0]; [120,180]. Посмотрев на диаграмму для глицинов, видно, что для углов ψ наиболее характерны скопления в районе 0 градусов, 150 и -150 градусов. Также посмотрев на эти две (для пролинов и глицинов цепи А) диаграммы, можно заметить, что, если у глицинов разброс углов очень большой, то у пролинов большая часть углов лежит в интервале значения угла φ [-60,-90],как уже говорилось ранее.
Как видно из диаграммы для альфа-спиралей, большинство углов ψ лежат в диапазоне [-60,0], а большинство углов φ - [-120,-60]. Исходя из данных диаграммы для бета-тяжей,среди углов ψ в бета-тяжах преобладают значения диапазона [100, 180], а среди углов φ - [-60, -150]. Опираясь на данные диаграммы для всего белка и диаграммы для бета-тяжей, можно сделать вывод, что бета-тяжи преобладают в данном белке PERR_Bacsu.