Исследование вторичной структуры белка PERR_BACSU:


Общее описание вторичной структуры:

  • α-спирали 6
  • β-тяжи 5
  • β-повороты 6


    Белок α+β,поскольку его нельзя отнести ни к классу α белков,ни к классу β белков, ни к классу α/β белков.
    Для исследования выбраны элементы вторичной структуры:
  • α-спираль 21-34 а.о.
  • антипараллельные β-тяжи 91-104 а.о.
  • β-поворот 68-72

    1) Исследование α-спирали:


    Мы можем видеть, что атом кислорода одного а.о (к примеру 27 а.о.) соединен с атомом азота через 4 а.о. (т.е. для данного конкретного примера 31 а.о). Запишем общий паттерн.
    N-номер а.о.Тогда паттерн выглядит так: H(n,n+4), где 21<n<34, n-натуральное. Атомы Сβ выходят из цилинда образованного остовом спирали. На обоих рисунках показаны
    проволочные модели спирали , с водородными связями (сине-красные). На втором рисунке модель тоньше, выделены красными шариками Сβ и связи между атомами
    Сβ и Сα(красно-белые)

    2) Исследование β-листа:


    Атомы Сβ каждого тяжа, то поочередно выходят в разные полупространства от плосткости, в котором находится β-лист. На обоих рисунках показаны проволочные модели спирали , с водородными связями (сине-красные). На втором рисунке модель тоньше, выделены красными шариками Сβ и связи между атомами Сβ и Сα(красно-белые).

    3) Исследование реверсивного поворота:


    Исследован реверсивный поворот с 67-73 а.о. Поворот образуют: ARG67GLU68SER69GLY70LEU71VAL72LYS73. Водородная связь, поддерживающий поворот, между атомами ARG67:A и GLY70:A. На рисунке остов поворота представлен в шарнирной модели с раскраской по атомам.
    Первый семестр