Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.


Доменная структура белка PERR_BACSU по данным Pfam
Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов Положение в последовательности белка PERR_BACSU Клан
1. PF01475 FUR=Ferric uptake regulator family Это семейство включает ионы металлов, которые связываются с ДНК и контролируют транскрипцию генов.
Эти ионы ответственны за контроль внутриклеточной концентрации железа и цинка во многих бактериях.		 15–133 Клан HTH(Helix-turn-helix) (CL0123), содержит 141 семейство

Представленность домена PF00085 в организмах разных видов

Таксон
Количество белков с доменом PF0085.
Эукариоты Зеленые растения(Viriplantae) -
Грибы -
Животные -
Остальные эукариоты 14
Бактерии 3382
Археи 30

Домен PF01475 не очень распространен, чаще всего встречается у бактерий;у животных, зеленых растений,грибов не встречается вовсе, что скорее всего связано с его функцией.

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№ PFAM ID Bacillus subtilis
1. FUR FUR_BACSU, ZUR_BACSU
Данный домен мало распространен, встречается всего в 2 белках бактерии Bacillus subtilis

Разные доменные перестройки PF01475


PF01475 (FUR) встречается в сочетании с разными доменами, бывает как и одно- так и многодоменные, а так же встречается на разных концах последовательности.
COQLB8_DESAH:
Desulfobacterium autotrophicum (328 residues)
Найдена 1 последовательность с такой архитектурой.
A3YC56_9GAMM:
Marinomonas sp. MED121 Transposase (629 residues)
Найдена 1 последовательность с такой архитектурой.
A9WQD9_RENSM:
Renibacterium salmoninarum Catalase EC=1.11.1.6 (677 residues)
Найдена 1 последовательность с такой архитектурой.

Ссылка на выравнивание-затравку для домена PF01475 белка PERR_BACSU

Сравнение описание мотивов в разных БД


1)Самый короткий мотив. . FUR(PF01475).Он описан в базе данных Pfam. Тип распознающего правила: Pfam ID/Pfam AC.
2)Самый длинный мотив. .SSF46785. Описан в базе даных Superfamily (HMM library and genome assignments server). Тип распознающего правила:SCOP, PDB.
3)Структурные подписи интегрированые в InterPro.

4)Отличаются ли границы структурных доменов от границ доменов Pfam?Границы структурного домена (1-145) отличаются от границ домена из Pfam.


Второй семестр
© Чернецова Даша