Паттерны и банк Prosite


Создание паттернов аминокислотных последовательностей

Исследуемый фрагмент



Построение и исследование паттернов

Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности H-A-I-C-E-N-C-G-K-I-V-D-F 1 Нет. Найден только мой белок
Сильный H-[ALFI]-[VI]-C-[DANQ]-[CLV]-C-G-[EK]-[VTI]-[IKV]-[ED]-[FI] ... ...
Слабый [VILM]-[CM]-[DANQ]-[CLVI]-[CM]-[GALIV]-[EKDR]-[VTIL]-[IKVL] ... ...


Слабый паттерн получен путем его сокращения на 2 позиции с каждого из концов,в одном случае-запрет на маленькие остатки, в других-модификация,исходя из родственных свойств аминокислотных остатков.
Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке PERR_BACSU

Мотивы в PERR_BACSU

Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
... ... ... ... ... ... ...
... ... ... ... ... ... ...
... ... ... ... ... ... ...

 

Второй семестр


© Чернецова Даша