Psi-BLAST`

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
ID белка	AC белка	Число итераций	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	6	162	0.005	0.005	881	0.002	0.094
SSRP_ECOLI	P0A832	2	514	3e-10	5.4	514	5e-31	0.35
RP5M_RHIME	P17265	3	15	0.005	0.12	25	8e-15	0.025
PERR_BACSU	P71086.1	3	32	0.005	0.006	49	9e-31	1e-15

Три из четырех последовательностей сошлись в пределах пяти итераций.Одна из исходных аминокислотных последовательностей белка MINC_ECOLI расходятся в течение 5 итераций.(Но MINC_ECOLI сходится на 7 итерации).Последовательно, от итерации к итерации, "разрыв" между значениями E-value у худшей находки выше порога и лучшей – ниже порога,чаще всего, медленно увеличивается. При этом у "лучшей" находки(т.е., поданного на вход белка)( SSRP_ECOLI) значения E-value увеличиваются с каждой итерации, а у "средней" уменьшаются.
Уменьшим порог E-value для белков для которых необходимо более 5 интераций.

ID белка	AC белка	Число итераций	Порог E-value	Для первой итерации			Для последней итерации
ID белка	AC белка	Число итераций	Порог E-value	Число находок выше порога	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	3	0.001	155	0.001	0.001	188	3e-10	0.001

Порог 0.001: для белка MINC_ECOLI список стабилизировался уже на третьей итерации

Второй семестр