A- и В- формы ДНК. Структура РНК.


I Задание.
Построение модели структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA.

A-форма (вид сбоку)
A-форма (вид сверху)
B-форма (вид сбоку)
B-форма (вид сверху)
Z-форма (вид сбоку)
Z-форма (вид сверху)
Результаты этого задания также смотри в файлах: gatc-a.pdb , gatc-b.pdb , gatc-z.pdb

II Задание.
Средства RasMol для работы со структурами нуклеиновых кислот.

  • Скрипт для RasMol. С его помощью выделяются разные атомы и химические группировки,позволяющие детально разобраться в структуре белка.
  • Заданные мне идентификаторы pdb 1DSZ и 1O0C и соответсвующие им документы: 1O0C.pdb , 1DSZ.pdb

    На первой картинке изображена структура т-РНК в проволочной модели,а на второй - структура ДНК, также в проволочной модели. Видно,что не в одной из структур нет разрывов.

    III Задание.
    Сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств RasMol.


    По картинке можно визуально определить большую и малую бороздку(использовался файл gatc-b.pdb).
    Зелененьким цветом выделено заданное мне азотистое основание Цитозин. По картинке можно определить,какие атомы основания обращены в сторону большой,а какие - в сторону малой бороздки.
    Для удобства рассмотрим заданное мне азотистое основание в ChemSketch.

    Красным выделены атомы, смотрящие в строну большой бороздки. Также на картинке написано,куда изображен атомы цитозина в А- и Z- формах.

  • Сравнение основных спиральных параметров разных форм ДНК.

      A-форма B-форма *Z-форма
    Тип спирали (правая или левая) правая правая левая
    Шаг спирали (Å) 28.03 33.75 43.50
    Число оснований на виток 11 10 12
    Ширина большой бороздки 7.98 17.21 9.69
    Ширина малой бороздки 17.43 11.69 18.30

  • Сравнение торсионных углов в структурах А- и В-форм (для цитозина).

    Углы α β γ δ ε ξ χ
    А-форма
    Презентация    		 -62 173 52 88 или 3 178 -50 -160
    А-форма
    RasMol    		 -59.69 174.70 41.69 79.11 -147.78 -75.13 -157.20
    B-форма
    Презентация    		 -63 171 54 123 или 131 155 -90 -117
    B-форма
    RasMol    		 -29.89 136.35 31.14 143.40 -140.77 -160.50 -97.99


    IV Задание.
    Определение торсионных углов нуклеотидов.

  • В структурах А-, В- и Z-форм ДНК.

    Углы α β γ δ ε ξ χ
    А-форма -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
    B-форма -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
    Z-форма -139.5
    или
    52.0    		 -136.7
    или
    179.0    		 50.8
    или
    -173.8    		 137.6
    или
    94.9    		 -103.6
    или
    -96.5    		 -64.8
    или
    81.9    		 -154.3
    или
    58.7
    По таблице видно, как различаются углы δ,ξ и χ; также видно, что в Z- форме каждый торсионный угол принимает несколько (2) значения.

  • В структуре тPНК.

    • Углы α β γ δ ε ξ χ
    тРНК -78.12 175.58 69.83 85.46 -150.32 -76.28 -159.71
    В-форма -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
    A-форма -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2

    Таким образом, по торсионным углам данная тРНК больше похожа на A-форму ДНК, чем на B.



    Третий семестр
    © Чернецова Даша