Комплексы ДНК.

I Задание.

Скрипт выделяющий различные множества в заданной структуре
Скрипт , последовательно показывающий 1)изображение всей структуры, 2)только ДНК в проволочной модели, 3) такую же модель, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3.

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	1	20	21
остатками фосфорной кислоты	11	9	20
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	4	10	14
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	1	1

Всего полярных контактов: 16, неполярных: 40.

Неполярных контактов сильно больше, чем полярных;
С азотистимы основаниями белок контактирует в основном со стороны большой бороздки. Возможно, причиной является больший размер и глубина большой бороздки.В большой бороздке лежит две альфа-спирали.
Белок контактирует с сахаро-фосфатным остовом намного больше, чем с азотистыми основаниями. По-видимому, это обусловлено наружным расположением 2'-дезоксирибозы и фосфата.

Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью nucplot.

Программа выдала файл nucplot.ps

Можно заметить, что многие деформированные нуклеотиды не образуют контактов с белком. Возможно, деформируются не только сами контактирующие нуклеотиды, но и их соседи.

II Задание.
Предсказание вторичной структуры заданной тРНК.

Для предсказания вторичной структуры тРНК используется алгоритм Зукера.
Запускаем программу mfold по этой последовательности.
При запуске этой программы изменим значение параметра P (устанавливает, на сколько процентов выдаваемое предсказание структуры может отличаться по своей вычисленной энергии от оптимального.) до 5% для увеличения числа вариантов. Их 2:

Последний вариант вторичной структуры соответствует реально существующей структуре. На нем можно различить все 4 стебля и даже вариабельную петлю.

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5' 1-7 3' 5' 66-72 3' Всего 7 пар	Предсказано 7 пар из 7 реальных
D-стебель	5' 10-13 3' 5' 22-25 3' Всего 4 пар	Предсказано 4 пары из 4 реальных
T-стебель	5' 49-53 3' 5' 61-65 3' Всего 5 пар	Предсказано 5 пар из 5 реальных
Антикодоновый стебель	5' 39-43 3' 5' 27-31 3' Всего 5 пар	Предсказано 5 пар из 5 реальных
Общее число канонических пар нуклеотидов	19	19

Третий семестр