Знакомство с терминологией GO

  1. Описание функции Perr_Bacsu с помощью аннотации Gene Ontology

    2. Описание функции белка Perr_Ecoli в соответствии с GO-аннотацией

      Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
    (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
    Где? Cellular component 2 в цитоплазме
    Зачем, для чего? Biological process 2 1) Транскрипция - клеточный синтез РНК по матрице ДНК.
    2) Регуляция транскрипции - процесс, влияющий на частоту, скорость или распрастранение транскрипции.
    Молекулярный механизм? Molecular function 3 1) Связывание с ДНК.
    2) Связывание с ионами металла.
    3) Специфичное связывание с ДНК транскритационного фактора активности.
    Специфичность?   не нашлось  

  2. Описание трёх терминов GO

    3. Я выбрала
    1. transcription, DNA-dependent
    2. DNA binding
    3. sequence-specific DNA binding transcription factor activity

    Описание терминов GO

    GO ID выбранного термина
    Список синонимов    		 Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
    GO:0006351

    регулция транскрипции,
    контроль транскрипции    		 Связь is a:
    1. GO:0034645 cellular macromolecule biosynthetic process
    2. GO:0032774 RNA biosynthetic process
    Связь part-of
    1. GO:0010467 gene expression
    		связь is a
    1. GO:0009300 antisense RNA transcription
    2. GO:0009299 mRNA transcription
    3. GO:0009303 rRNA transcription
    4. GO:0009302 snoRNA transcription
    5. GO:0009301 snRNA transcription
    6. GO:0001121 transcription from bacterial-type RNA polymerase promoter
    7. GO:0006390 transcription from mitochondrial promoter
    8. GO:0042793 transcription from plastid promoter
    9. GO:0006360 transcription from RNA polymerase I promoter
    10. GO:0006366 transcription from RNA polymerase II promoter
    11. GO:0006383 transcription from RNA polymerase III promoter
    12. GO:0001059 transcription from RNA polymerase IV promoter
    13. GO:0001060 transcription from RNA polymerase V promoter
    14. GO:0009304 tRNA transcription
    15. Связь part-of
      GO:0001109 promoter clearance during DNA-dependent transcription
    16. GO:0006354 transcription elongation, DNA-dependent
    17. GO:0006352 transcription initiation, DNA-dependent
    18. GO:0006353 transcription termination, DNA-dependent
    19. связь
      GO:0045892 negative regulation of transcription, DNA-dependent
    20. GO:0045893 positive regulation of transcription, DNA-dependent
    21. GO:0006355 regulation of transcription, DNA-dependent
    GO:0003677

    связывание c ДНК    		 Для всех терминов связь is a:
    1. GO:0003676 nucleic acid binding
    		Для всех терминов связь is a:
    1. GO:0000497 base pairing with DNA
    2. GO:0003684 damaged DNA binding
    3. GO:0008301 DNA bending activity
    4. GO:0003689 DNA clamp loader activity
    5. GO:0003916 DNA topoisomerase activity
    6. GO:0015616 DNA translocase activity
    7. GO:0010844 recombination hotspot binding
    8. GO:0000975 regulatory region DNA binding
    9. GO:0043565 sequence-specific DNA binding
    10. GO:0043566 structure-specific DNA binding
    GO:0003700

    Специфичное связывание с ДНК транскритационного фактора активности.    		 Cвязь is a:
    GO:0001071 nucleic acid binding transcription factor activity
    		Для всех терминов связь is a:
    1. GO:0001073 DNA binding transcription antitermination factor activity
    2. GO:0001130 sequence-specific DNA binding bacterial-type RNA polymerase transcription factor activity
    3. GO:0001142 sequence-specific DNA binding mitochondrial RNA polymerase transcription factor activity
    4. GO:0001167 sequence-specific DNA binding RNA polymerase I transcription factor activity
    5. GO:0000981 sequence-specific DNA binding RNA polymerase II transcription factor activity
    6. GO:0001034 sequence-specific DNA binding RNA polymerase III transcription factor activity
    7. GO:0001011 sequence-specific DNA binding RNA polymerase recruiting transcription factor activity
    8. GO:0001010 sequence-specific DNA binding transcription factor recruiting transcription factor activity










Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt

  1. Определение числа реальных и гипотетических белков из таксона Орангутанга Pongo


    2. Русское название: Орангутанг
    Латинское название: Pongo
    Английское название: Orangutan
    Taxonomy ID: 9599
    Ранг: genus

    Соотношение между реальными и гипотетическими белками из таксона Pongo (по данным UniProt)

      Количество в UniProt Количество в UniRef100
    Существование белка доказано экспериментально 10 14
    Известны только соответствующие транскрипты 2119 2118
    Гипотетический белок, предсказан по гомологии 318 388
    Иные предсказанные гипотетические белки 4 4
    Удивляет, что для орангутанга найдено так мало белков.





Использование GO для работы с массовыми данными

  1. Описание протеома бактерии Caldicellulosiruptor bescii DSM 6725 (Anaerocellum thermophilum)


  2. Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией



    3. Гликолиз - Glykolysis
    Термин GO - Glykolysis
    Go ID - GO:0006096
    Словарь - Molecular Function
    Запрос SRS - ([uniprot-NCBI_Taxonomy:Pongo*] > ([uniprot-DbName:GO*] & [uniprot-DBxref:GO:0006096*]))
    Нашлось 21 белков: ALDOA_PONAB_12, ALDOB_PONAB_12, DHTK1_PONAB_12, ENOA_PONAB_13, G3P_PONAB_12, G6PI_PONAB_12, HXK1_PONAB_12, K6PF_PONAB_9, K6PL_PONAB_13, K6PP_PONAB_13, KPYM_PONAB_11, LDHA_PONAB_12, ODO1_PONAB_11, ODPA_PONAB_12, ODPB_PONAB_15, OGDHL_PONAB_10, PGAM1_PONAB_12, PGK1_PONAB_13, TPIS_PONAB_12, Q5RA28_PONAB_10, Q5RAS3_PONAB_10
    В формате fasta


Четвертый семестр
© Чернецова Даша