Создание паттерна по выравниванию семейства белков.

Паттерны и профили рибосомального белка RL15_BACSU

Нашёлся только один паттерн PS00475.

• [KR]-[LIVM](2)-[GASL]-x-[GT]-x-[LIVMA]-x(2,5)-[LIVMF]-x-[LIVMF]-x(3,4)- [LIVMFCA]-[ST]-x(2)-A-x(3)-[LIVM]-x(3)-G.
  
• Краткое описание семейства, выделяемого этим паттерном:
  Рибосомный белок L15 один из большой рибосомальной субъдиницы.Для Esheria coli известно, что белок L15 связывается с 23S rRNA.
  
• Этим паттерном не находятся все 147 нужных белка. И 13 лишних представителей.
  
• Precision (true hits / (true hits + false positives)): 98.10 %
  
• Recall (true hits / (true hits + false negatives)): 82.07 %
  




Паттерн для поиска белков подсемейства


Я выбрала порядок Bacillales.
Выборка из порядка Bacillales:
R27A1_ANOFW
RL15_BACAN
RL15_EXISA
RL15_GEOKA
RL15_LISMO
RL15_STAAC
RL15_STAHJ

Выборка из других бактерий:
RL15_ACIAD
RL15_NOSP7
RL15_SYNP2
RL15_BORBU
RL15_ZYMMO
RL15_TREDE
RL15_SYNWW
RL15_ALKMQ

Паттерн:
1 вариант: R-K-E-[YF]-A-[IV]-V-[NS]-L-x(2)-L-N
Нашлось 52 белка из списка находок исходного паттерна и еще 13 других белков.
2 вариант: R-K-[ED]-[YF]-[AT]-[IV](2)-[NS]-L-x(2)-L-N
Нашлось 53 белка.
3 вариант: R-K-[ED]-[YF]-[AT]-[VI](2)-[NS]-[LV]-[ESDA]-x-L-N
Найдено 58 белков. Списки полностью совпали:)

Выравнивание в формате msf

Четвертый семестр

---

© Чернецова Даша