Эволюционные домены. Pfam.

1. Был взят домен из резервного списка,в связи с тем, что мой белок не подходит: PF00731, AIR (5-amino-4-imidazole-carboxylate) carboxylase - карбоксилаза AIR.. ( ссылка на Pfam )
   


2. Из 13 различных архитектур выбрала две:
   -- 104 сруктур и
   
   -- 54 структур
   
3. Файл Excel со всеми структурами, содержащими Pro_dh.
   


4. Выравнивание Pfam
   



5. Филогенетическое дерево:

   
   
   

6. Скобочная формула:


(2_A1BE42_C:0.09678,((((((1_B3LJH0_Y:0.17557,2_A1CII2_A:0.29907):0.05710, 1_B1XN85_S:0.15641):0.02435,2_A6GZC3_F:0.34964):0.04950, (2_A6U0N2_S:0.26986,(2_A4YGQ3_M:0.16584,2_A4WMV3_P:0.27957):0.03634):0.02857):0.02166, 2_A2CD83_P:0.22617):0.02704,(1_B0MVF4_9:0.22282,(((1_B3QKP8_R:0.15466, 1_B3PZR9_R:0.11799):0.05446,1_A7HUV3_P:0.10639):0.06730, (2_A4WX22_R:0.20100,((((1_B1XRX8_P:0.21110,((1_B2SYC9_B:0.05525, 1_A8KKT2_B:0.04953):0.08891,2_A6GSN4_9:0.14865):0.02211):0.00739, 1_A1WCR5_A:0.14693):0.04369,1_B2SVJ5_X:0.19504):0.05845, (2_A4Y486_S:0.17027,(2_A4NA13_H:0.01154,2_A4NFQ9_H:0.00861):0.14567):0.10688):0.00550):0.01353):0.02978):0.01804):0.21849,1_B3QPQ1_C:0.10875);

7. Summary:

   
   По картинке видно, что белки перемешаны. Скорее всего они формировались независимо друг от друга.
   
   


Четвертый семестр

---

© Чернецова Даша