Укоренение в среднюю точку
Дерево до укоренения:
Дерево после укоренинения:
корень построенного дерева не совпадает с корнем правильного.Укоренение произошло в ветвь {LACAC, STRP1} против {CLOB1, FINM2, LISMO, STAA1, BACAN}.
Метод максимальной экономии не выдаёт длины ветвей.
UPGMA выдаёт уже укоренённое дерево.
Использование внешней группы
Изображение дерева с листом Ecoli:
корень построенного дерева не совпадает с корнем правильного.Укоренение произошло в ветвь {FINM2} против {CLOB1,LACAC, STRP1, LISMO, STAA1, BACAN}.
Бутстрэп
+---------------------------------------EFTS FINM2
|
| +-------EFTS BACAN
| +--67.5-|
| +--76.3-| +-------EFTS STAA1
| | |
| +--71.5-| +---------------EFTS LISMO
| | |
| | | +-------EFTS LACAC
+-------| +----------100.0-|
| +-------EFTS STRP1
|
+-------------------------------EFTS CLOB1
В построенном дереве 3 правильных ветви. Есть неправильная ветвь: {BACAN, STAA1} против {LISMO, LACAC, STRP1, CLOB1, FINM2}. Если лист STAA1 переместить, получится правильное дерево.
Программе Fprotpars без bootstrep'а удалось воспроизвести 2 правильные ветви. Таким образом, очевидно, что реконструкция улучшилась.