Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательнсотям

Правильное дерево:

Я реконструировала дерево программой fdnapars. Программа выдала одно дерево:

Как видно, дерево не совпадает с правильным. Количество правильных ветвей - 3. Не удалось воспроизвести ветвь {STAA1, BACAN, LISMO} против {LACAC, CLOB1, FINM2, STRPN}.Однако, что важно, только программе fdnapars удалось выделить BACAN, LISMO, STAA1 в правильную ветвь.
Реконструкция программой fprotpars воспроизводит 3 правильных ветвей. Получается, что одинаково.
ссылка на выравнивание

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Находки Blast:


   Subject id           e-value   bit score 
                                 
sp|Q81UJ9|3MGH_BACAN	e-119 	 423  
sp|Q896H4|3MGH_CLOTE	1e-53 	 204  
sp|A7FTE3|3MGH_CLOB1	5e-47 	 182  
sp|P94378|3MGH_BACSU	3e-35    143  
sp|O31544|YFJP_BACSU	e-180	 624  
sp|Q833H5|3MGH_ENTFA	2e-149	 130  
sp|A7X5V7|3MGH_STAA1	1e-31	 104  
sp|Q5FMR0|3MGH_LACAC	2e-20	 100 
sp|O05413|2NPD_BACSU	0.0	 715

Реконструкция дерева программой fprotpars

                                                  


                 +--------3MGH_BACSU
                 !  
        +--------7     +--3MGH_CLOB1
        !        !  +--5  
        !        +--4  +--3MGH_CLOTE
        !           !  
     +--3           +-----3MGH_BACAN
     !  !  
     !  !              +--3MGH_ENTFA
     !  !           +--8  
  +--2  +-----------6  +--3MGH_STAA1
  !  !              !  
  !  !              +-----3MGH_LACAC
  1  !  
  !  +--------------------YFJP_BACSU
  !  
  +-----------------------2NPD_BACSU

Ортологи: 3MGH_ENTFA и 3MGH_STAA1; 3MGH_CLOB1 и 3MGH_ENTFA
Паралоги: 2NPD_BACSU и 3MGH_BACSU; 3MGH_BACSU и YFJP_BACSU

Четвертый семестр