Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом

I. Создаём выравнивание двух белков с помощью Clustal

II. Редактируем файл с выравниванием.

III. Модифицируем файл со структурой.

IV. Создаём скрипт.

файл со скриптом

V. Выполняем скрипт, смотрим модели.

Было получено 5 pdb файлов.

Все структуры очень похожи между собой. Отличаются только небольшими сдвигами атомов.

VI. Проверка качества моделей с помощью WHATIF.