Белок 1LMP
На картинке:
Разноцветный-белок
Зеленый-2 молекулы лиганда NAG(N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE)
Желтый-лиганд NDG(2-(acetylamino)-2-deoxy-a-d-glucopyranose)
Возможности Sculpting
Sculpting позволяет работать с Ван-Дер-Ваальсовыми силами и изменять торсионный угол выделенной связи.
Средствами Tcl/Tk интерфейса (Wizard->Mutagenesis) необходимо провести мутацию в белке.
Посмотрим лиганд NDG. Он взаимодействует с двумя остатками белка: аспаргином и аспаргиновой кислотой.
Заменим оба этих остатка на глицин. Это удобно сделать так, потому что глицин - самая маленькая, неполярная и незаряженная(в отличие от аспарагиновой) аминокислота. Такая замена точно внесет изменения в связывание с лигандом
Присоединение флуорусцентной метки TAMRA к белку через сложноэфирную связь.
TAMRA соединяется с белком через 179 остаток аспаргиновой кислоты.
Cкрипт для построения поли-аланиновой альфа спирали длинной 100 аминкислот.
скриптВ итоге получается изображение:
Шестой семестр
© Чернецова Даша