Кристалл, группа симметрий, структурные факторы

    Все картинки были получены в PyMol.
    Использовалась команда, позволяющая определить количество соседних молекул в ячейке symexp, sy, 2FE3, (2FE3), 5, где
    sy - базовое имя новых объектов
    2FE3 - загруженный pdb-файл
    (2FE3) - имя выборки
    5 - расстояние в ангстремах, обспечивающее отбор ячеек, находящихся на меньшем расстоянии от указанной выборки в структуре 2FE3

    Вот что выдает PyMol после выполнения команды:

    PyMOL>symexp sym, 2FE3, (2FE3), 5
    ExecutiveSymExp: Generating symmetry mates...
    Executive: object "sym00-10100" created.
    Executive: object "sym00-10101" created.
    Executive: object "sym0000-100" created.
    Executive: object "sym000000-1" created.
    Executive: object "sym00000001" created.
    Executive: object "sym00000100" created.
    Executive: object "sym0001-1-1" created.
    Executive: object "sym0001-100" created.

    Иллюстрации к этой команде приведены ниже (пункт 2. Количество соседних молекул)

  1. Белок PerR_Bacsu в ячейке



    2. Ячейка не ортогональная, имеет форму параллелепипеда, белок в центре.
    Параметры ячейки можно найти в pdb-файле в строке CRYST1:
    CRYST1 41.290 42.160 53.490 82.18 80.11 60.96 P 1 2
    Первые 3 значения - (41.290, 42.160, 53.490) - длины сторон ячейки в ангстремах, следующие 3 - (82.18, 80.11, 60.96) - углы между соответствующими сторонами в градусах, далее - Р (primitive) - тип центрирования, 1 - тип симметрии ячейки, 2 - число мономеров в ячейке.

  2. Количество соседних молекул в ячейке


    3. Белок 2FE3 белого цвета, расположен в центре. Видно, что он имеет 8 соседей.

  3. Анализ файла структурных факторов

    4. Файл содержит следующие поля: 
    data_r2fe3sf
loop_
_refln.wavelength_id           -указатель на _diffrn_radiation.wavelength_id
_refln.crystal_id              -указатель на _exptl_crystal.id
_refln.scale_group_code
_refln.status
_refln.index_h                 -индекс отражения
_refln.index_k                 
_refln.index_l                 
_refln.F_meas_au               -измеренное значение структурного фактора
_refln.F_meas_sigma_au         -стандартная ошибка (оценочное стандартное отклонение)
    К сожалению, количество структурных факторов, полученное в эксперименте, в этом файле не прописано, как и амплитуды рефлекса (max и min)
    Посчитаем их вручную при помощи Microsoft Excel. Количество структурных факторов - 29824 (равно количеству значений в файле). Измеренные амплитуды рефлекса - 530 и 6,6 (максимальное и минимальное значения, стандартные отклонения 10 и 3 соответственно; взято из двух последних столбцов файла (_refln.F_meas_au и _refln.F_meas_sigma_au))

    Седьмой семестр
    © Чернецова Даша