Рассеяние на кристалле, разрешение гармоники, разрешение структуры, фазовая проблема

  1. Информация о гомологах белка 2FE3, полученная с помощью BLAST

    2. RCSB PDB --> Advanced --> Choose a Query Type: Sequence Features -> Sequence (BLAST/FASTA/PSI-BLAST) --> Result Count.
    Нашлось 15 белков, не считая моего.
    Занесем данные о всех этих белках в таблицу MicroSoft Excel: Reports --> Custom Reports --> Customizable Table --> Выбираем нужные поля --> Create Report --> Save as Excel.
    Получили Custom Report.xls

  2. Краткое описание белка 2FE3

    3. a. Главный биологический результат статьи:
    Статья – первое представление белка PerR в кристаллическом виде. Примечательно, что присутствие иона цинка в структуре скоординировано четырьмя остатками цистеина. Zn(Cys)4 играет важную роль в стабильности белковой молекулы, запирая домен димеризации.
    С помощью метода молекулярного моделирования для имеющейся структуры можно предположить структура активной формы PerR и возможный сайт связывания с металлом-регулятором.
    b. Разрешение структуры: 1,75Å
    c. Фазовая проблема решена с помощью метода молекулярного замещения
    d. Измерено 29824 структурных фактора
    e. R-фактор (R-cryst) = 17,2%; R-free фактор = 22,9%
    f. Источники:
        Статья
        RCSB PDB
            EDS
    g. Bыравнивание полной последовательности белка (из Uniprot) и белка, представленного в pdb-файле с помощью JalView:


    Последовательность из UniProt отличается от PDB наличием двух дополнительных аминокислот (метионина и аланина) в начале последовательности.

    Седьмой семестр
    © Чернецова Даша