Материалы и методы
Изначальные таблицы с сайта NCBI(сопроводительные материалы [1]) были сначала проанализированы интерпретатором bash. Далее с помощью копирования они были экспортированы в таблицы Excel. С помощью этой программы они подверглись дальнейшей обработке. Там были построены графики, которые иллюстрируют результаты работы, а также были получены статистические данные, обсуждению которых в значительной мере и посвящена настоящая работа(сопроводительные материалы [2])
Результаты
Распределение длин белков
В геноме Burkholderia oklahomensis содержится 6301 белок-кодирующая последовательность. На первой “хромосоме”(молекуле ДНК) располагается 3709 последовательностей, кодирующих белки. На второй “хромосоме”(молекуле ДНК) располагается 2592 последовательностей, кодирующих белки. Анализ распределения длин белков(рисунок 1) показывает, что подверглись дальнейшей обработке. Там были построены графики, которые иллюстрируют результаты это те, которые имеют 200-300 аминокислотных остатков. Также широко распространены белки, которые состоят из 100-200 и 300-400 аминокислотных остатков. Эти сведения не позволяют выделить какие-либо особенности бактерии.
Рисунок 1. Гистограмма распределения длин белков
Распределение генов РНК в геноме
В геноме содержится 126 последовательностей кодирующих различные типы РНК. А именно: 59 транспортнвх РНК, 3 некодирующих РНК, 13 рибосомных РНК, 52 транспортно-матричныx РНК(рисунок 2). Наличие большого количества Транспортно-матричных РНК(функция которых-прерывание трансляции)
Рисунок 2. Распределение генов РНК в геноме
Распределение генов на прямой и обратной цепях
Был подсчитан процент генов, содержащихся на прямой(+) и на обратной(-) цепи. На первой находится 51.5% всех генов, а на второй 48.5%(рисунок 3). В целом, можно говорить о том, что распределение генов на двух цепях случайно.
Рисунок 3. Распределение генов на прямой и обратной цепях
Длина межгенных участков
Распределение длин межгенных участков на плюс и минус цепи. Как мы можем наблюдать(рисунок 4), преобладают короткие участки до 100 нуклеотидов. Их почти в два раза больше, чем участков с 100-199 нуклеотидами. Результат согласуется с тем, что прокариоты имеют “опероную” организацию генома.
Рисунок 4. Длина межгенных участков
Cопроводительные материалы и литература
Использованные в работе геномные особенности из NCBI
Таблица с рисунками из работы
1)Mindy B. Glass, Arnold G. Steigerwalt, Jean G. Jordan, Patricia P. Wilkins, Jay E. Gee 2006; Burkholderia oklahomensis sp. nov., a Burkholderia pseudomallei-like species formerly known as the Oklahoma strain of Pseudomonas pseudomallei; Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии Volume 56 Issue 9
2)M. B. Glass 2022; Классификация организма на BacDive
3)Merkblatt A. 2012; Empfehlung der ZKBS zur Risikobewertung von Burkholderia oklahomensis; Zeitschrift von Bundesamt Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit
4)David DeShazer 2007; Virulence of clinical and environmental isolates of Burkholderia oklahomensis and Burkholderia thailandensis in hamsters and mice; FEMS Microbiol Lett