Главная

О себе

Семестры

ФББ МГУ

UniProt

1.Протеом Burkholderia oklahomensis C6786: идентификатор-UP000057998; кол-во белков-5,984

Протеом Escherichia coli (strain K12): идентификатор-UP000000625; кол-во белков-4,404

wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000057998)' -O UP000057998.swiss.gz

wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000000625)' -O UP000000625.swiss.gz

2.1)Первый запрос: Для Escherichia coli: zgrep '^KW' UP000000625.swiss.gz |grep 'Transmembrane helix'|wc -l. Выдало 941 результат(доля 21.3%). Для Burkholderia oklahomensis C6786: zgrep '^KW' UP000057998.swiss.gz |grep 'Transmembrane helix'|wc -l. Выдало 1083 результата(доля 18%). Схожесть доли трансмембранных белков можно объяснить тем, что две бактерии являются грамотрицательными

2)Второй запрос: Escherichia coli (strain K12): zgrep '^DE' UP000000625.swiss.gz |grep 'RecName: Full='|grep -i '[a-z]ase'|wc -l(для E. coli). Выдало 2033 результатов (доля 46.2%). Для Burkholderia oklahomensis C6786: zgrep '^DE' UP000057998.swiss.gz |grep 'RecName: Full='|grep -i '[a-z]ase'|wc -l. Выдало 1304 результов(доля 21.7%). У Бурхолдерии количество ферментов меньше, из чего можно сделать вывод, что разнообразие метаболитических путей у Escherichia coli выше. Возможно, это связано с преимущественно паразитическим образом жизни бактреий рода Burkholderia

3)Третий запрос: Искал количество оксидоредуктаз. Для Escherichia coli: zgrep '^KW' UP000000625.swiss.gz |grep 'Oxidoreductase'|wc -l. Выдало 340 результатов (доля 7.7%). Для Burkholderia oklahomensis C6786: zgrep '^KW' UP000057998.swiss.gz |grep 'Oxidoreductase'|wc -l. Выдало 340 результов(доля 5.7%). Одинаковое их количество, возможно, связано с некоторым родством двух бактерий. Доля же у Бурхолдерии меньше из-за большего объема протеома

3.В англоязычной википедии насчет рода Burkholderia написано следующее: "Исследования, направленные на изучение межбактериальной сигнализации с использованием Burkholderia, показали, что контактно-зависимое ингибирование роста играет важную роль в опосредовании межклеточной коммуникации, особенно у B. thailandensis. При таком взаимодействии клетки выделяют белковые токсины в окружающую среду, и только те, у которых есть соответствующий защитный белок (обычно бактерии того же штамма), не будут подавлять свой рост или погибать. Кроме того, клетки-реципиенты, содержащие соответствующий белок, затем претерпевают изменения в экспрессии генов и фенотипе, что способствует формированию сообщества в виде биопленок". Я решил проверить отражается ли эта особенность на количество белков с ключевым словом Signal, то есть большее ли количество учавствующих в сигналинге белков у Бурхолдерии в сравнении с более привычной кишечной палочкой. И это оказалось так. С помощью команды zgrep '^KW' {ID}.swiss.gz | grep -i -c 'Signal' обнаружилось, что у кишечной палочки этих белков 514, а у Бурхолдерии 655. Таким образом, такая особенность, описанная в википедии, отражается и на протеоме