Выравнивание последовательностей

2)Глобальное выравнивание

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Acetyl-coenzyme A synthetase	ACSA_ECOLI	ACSA_BACSU	967.5	34.9%	50.9%	104	22
Xylulose kinase	XYLB_ECOLI	XYLB_BASCU	791.0	34.7%	52.2%	37	9
DNA repair protein RadA	RADA_ECOLI	RADA_BASCU	1067.5	48.6%	66.0%	18	10

3)Локальное выравнивание

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Acetyl-coenzyme A synthetase	ACSA_ECOLI	ACSA_BACSU	968.5	36.7%	53.2%	77	20	95.0%	99.1%
Xylulose kinase	XYLB_ECOLI	XYLB_BASCU	796.0	34.9%	51.1%	27	7	97.9%	96.0%
DNA repair protein RadA	RADA_ECOLI	RADA_BASCU	1075.0	47.4%	67.0%	14	8	98.7%	98.7%

4)Локальное и глобальное выравнивание

Можно заметить, что в глобальном выравнивании(снизу) больше инделей и меньше схожести, чем в локальном(сверху)

ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
RADA_ECOLI	XYLB_BACSU	42.5	19.2%	31.8%	129	22	59.3%	65.7%
RADA_ECOLI	XYLB_BACSU	27.0	16.4%	29.6%	209	31	100%	100%

Множественное выравнивание

Я решил выбрать мнемонику XYLB

Полное имя: Xylulose kinase

Белков с такой мнемоникой нашлось 24.

Организмы: две обсуждаемые в задании бактерии, Caenorhabditis elegans, Bos taurus, крыса, мышь, человек

Выравнивание в Jalview

Выравнивание осуществлялось muscle

Судя по полученным результатам, белки гомологичны. Самым консервативным оказался участок с 135 по 202 аминокислоту.