Программа BLAST

Описание параметров выравнивания BLAST

Subquery range - рассматриваемая часть последовательности

Database - банк последовательностей

Program - программа для поиска

Max target sequences (100) - максимальный размер выдачи

Short queries - для коротких последовательностей автоматически применить соответствующие им параметры.

Expect threshold (0.05) - максимальный E-value находок

Word size (5) - размер слова(якоря)

Max matches in a query range (0) - ограничение по совпадающим буквам в промежутке

Matrix (BLOSUM62) - выбор матрицы

Gap Costs (Existence: 11 Extension: 1) - настройки штрафа за открытие и продолжение инделя.

Low complexity regions filter - учесть участки малой сложности

Выдача Blast для белка из практикума 7 Выравнивание

Гомологи вирусного белка

Hantaan virus

ID GP_HANTL

AC P16853

Query:

Note: Glycoprotein C

Range: 649..1135

Выдача Blast

Вырывнивание(Tcoffee)

fasta

Оценка доли вирусных белков

Нет, не изменился.

P41264(Puumala virus strain berkel)

Выдача при поиске по всем организмам Eval=3*10^-128

Выдача при поиске по вирусам Eval=10^-129

E-value прямо пропорциональна размеру банка. Из этого следует, что доля белков вирусов в банке: 10^-129/(3*10^-128)*100% = 3.3%