| Таблица | Информация | Комментарии | Пояснения |
|---|---|---|---|
| AC pfam | PF05194 | Имеет вид PF…. (пять цифр) | |
| ID pfam | UreE urease accessory protein, C-terminal domain | гидролизует мочевину с образованием аммиака и карбаминовой кислоты. С-концевая область у представителей этого семейства содержит участок связывания, богатый никелем | В верхней строке стрницы идёт сразу за AC. Short name -это не то. |
| #SEED | 94 | число последовательностей в выравнивании SEED.Найдёте по ссылке Alignments | |
| #All | 10k | Число всех белков с доменом семейства. В меню Proteins => all | |
| #SW | 188 | Число белков с доменом Swissprot. В меню Proteins => reviewed | |
| #architectures | 7 | Число разных доменных архитектур. В меню architectures | |
| #3D | 13 | Число доменов с известной 3D структурой. Меню Structures | |
| Taxonomy | Bacteria - 10306 Archaea - 52 | Как видно из таксономии, встречается преимущественно у бактерий | Число всех белков с доменом семейства по супер-царствам. |
| Таблица 11-3 | Информация | комментарии | пояснения |
|---|---|---|---|
| 100% консервативные колонки | 31 и 34 | Указать номера колонок и а.к.о. Формат 3:A. Color by identity thresold 100% | |
| самый консервативный участок | 31-34 | от (номер колонки) - до. Annotations => Show annotations (под выравниванием) ИЛИ снижать порог identity threshold | |
| Сделать группы по самым консервативным позициям участка | 31-34, 99-109 | Группы вышли маленькими | Выделить колонки, удерживая CTRL. Select => Make groups for selection |
| Перечислить консервативные в САМОЙ БОЛЬШОЙ ГРУППЕ позиции | 31-G, 32-N, 64-V, 107-G, 175,177-H | От сортировать последовательнности по группам. Calculate => Sort => by groups Тот же формат: номер позиции:буква |
График имеет несколько пераллельных линий, что объясняется наличием схожих доменов, расставленных в обратном порядке.
| Таблица 11-5 | Информация | комментарии | пояснения |
|---|---|---|---|
| доменная архитектура 1 | PF02814 - PF05194 | вберите доменую архитектуру с выбранным доменом | |
| Белок с архитектурой 1 | P17090 | укажите идентификатор последовательности с этой архитектурой | |
| доменная архитектура 2 | PF02814 - PF05194 - PF05194 | вберите другую доменую архитектуру с выбранным доменом | |
| Белок с архитектурой 2 | I3TLD2 | укажите идентификатор последовательности с этой архитектурой |
