1)Сравнение программ MSA
Для сравнения использовалась программа Ксении Кирцовой.
Выравнивались последовательности A0A009H877, A0A010RI57, A0A017HGK1. Доменная архитектура - P17090.
Сравнивались программы Clustal Omega, MAFFT, MUSCLE.
Ссылки на проекты с выравниваниями для разных программ:
Clustal_Omega MAFFT MUSCLEСравнение Clustal Omega и MAFFT:
Здесь отличаются блок 6 и 7, так как одно из выравниваний содержит больше гэпов
Выдача_сравнения_Clustal_Omega_и_MAFFTСравнение Clustal Omega и MUSCLE:
Выравнивания практически идентичны, наверное, это связано с эвристическими механизмами
Выдача_сравнения_Clustal_Omega_и_MUSCLE2)Совмещение структур
Выравнивание PDB Выравнивание с помощью MuscleВ Выравнивании PDB большие индели в конце. Также различается распределение гэпов в середине последовательности.
3)Описание программы MUSCLE
На начальном этапе сравниваются последовательности слов определенной длины, создается матрица расстояний между последовательностями. Затем эта матрица преобразуется в дерево, после чего проводится прогрессивное выравнивание. На улучшенном этапе происходит корректировка неточностей, обнаруженных на предыдущем этапе. Расстояние между последовательностями рассчитывается с использованием метода Кимуры, затем снова строится дерево с помощью алгоритма UPGMA и проводится новое прогрессивное выравнивание. При несоответствии структуры участка второго дерева участок перевыравнивается. На этапе рафинирования происходит пошаговое удаление ребер дерева от листьев к корню, разбивая его на две части. Профили выравниваний двух новых деревьев сравниваются, и при необходимости оставляется новое выравнивание. Этот процесс продолжается до сближения результатов или достижения предела, установленного пользователем.
Статья