Практикум №7

Поисковый запрос-Gallus gallus. Было выдано 43 генома. Два из них имеют аннотацию RefSeq. Выбрал первую сборку. Сборка( GCF_016699485.2) выполнена на уровне chromosome, что означает, что данный геном собран до уровня целых хромосом.

Таблица 1. Информация о сборке GCF_016699485.2

Идентификатор GenBank	Идентификатор RefSeq	Общий размер генома (п.н.(b))	Число фрагментов генома в сборке	N50(контиги)	L50(контиги)	N50(скэффолды)	L50(скэффолды)
GCF_016699485.1	GCF_016699485.2	1.1 Gb	41	18.8 Mb	18	90.9 Mb	4

N50: длина элемента, для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в элементах такой и большей длины.

L50: Число элементов(наименьшее), в которых содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки.

В сборке есть все аутосомы и половые хромосомы. Также геном отмечается как референсный. Также показатель N50(контиги) достаточно большой. Судя по этим фактам, качество сборки-хорошее.

Таблица 2. Данные сборки GCF_016699485.2(страница с данными)

Нуклеотидные последовательности генома(FASTA)	Последовательности белков(FASTA)	Последовательности генома с аннотацией(GBFF)
GCF_016699485.2_bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b_genomic.fna.gz	GCF_016699485.2_bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b_protein.faa.gz	GCF_016699485.2_bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b_genomic.gbff.gz

Первое: нуклеотидные последовательности всех хромосом в fasta. Второе: белковые последовательности всех белков. Третье: файл, в котором сначала идет идентификатор, название организма, краткое описание записи, потом аннотация участков, а далее идет сама последовательность