Практикум 1. Филогенетическое дерево.

(((CAMDR, LAMGU), (PIG, TAYPE)), (((RHISO, DICBI), (TAPIN, TAPTE)), (HORSE, EQUGR)))

Филогенетическое дерево

Практикум 2.

Дерево, построенное моделью MtREV

Дерево, построенное моделью p-distance

Дерево, построенное программой iqtree

Комментарий: Во всех реконструированных деревьях (p-distance, MtREV, IQ-TREE) наблюдается перестановка клад: ветвь (HORSE, EQUGR) и ветвь (RHISO, DICBI) меняются местами по сравнению с эталонной топологией NCBI.

Практикум 3.

12S РНК: В реконструированном дереве допущена ошибка в родственных связях. Клада, объединяющая EQUGR и HORSE, ошибочно показана как сестринская по отношению к кладе CAMDR и PIG. В то же время, согласно эталонной (правильной) топологии, клада (EQUGR, HORSE) должна быть сестринской по отношению к группе, содержащей RHISO, TAPIN и TAPTE, а таксоны CAMDR и PIG должны занимать в дереве совершенно другое, более базальное положение.

Дерево неверно укоренено из-за этого PIG отделен от всех остальных организмов. Несмотря на то, что филогенетический анализ корректно определил состав трёх основных клад — (EQUGR, HORSE), (TAPTE, TAPIN) и (RHISO, DICBI), — их положение в дереве оказалось ошибочным. Клады (EQUGR, HORSE) и (RHISO, DICBI) поменялись местами по сравнению с эталонной топологией. Кроме того, анализ некорректно определил положение таксонов TAYPE и PIG: вместо того чтобы образовать сестринскую группу, каждый из них занял базальное положение по отношению к остальным кладам(PIG более базальное).

бутстреп: Филогенетический анализ достоверно восстановил состав основных клад — (EQUGR, HORSE), (TAPTE, TAPIN) и (RHISO, DICBI), — однако все равно выдал расхождение: клады (EQUGR, HORSE) и (RHISO, DICBI) поменялись местами относительно эталонного дерева. Клада (LAMGU, CAMDR) также была поддержана со значением бустрепа 73, в то время как положение таксонов TAYPE и PIG оказалось разрешено некорректно: PIG занимает базальное положение с низкой поддержкой 34, не формируя с TAYPE ожидаемой сестринской группы.