Общая характеристика структуры 2NV2
| Идентификатор PDB | 2NV2 |
| Название | Бактериальный комплекс пиридоксаль 5'-фосфат синтазы (bacterial pyridoxal 5'-phosphate synthase complex) |
| Количество цепей | всего 24 цепи(по 12 цепей двух разных типов: pdxT и pdxS) |
| Лиганды | хлорид-анион 12 частиц и 1,2-этандиол 18 молекул |
На рисунках 1-6 представлена пространственная структура белка
рисунок 1. Пространственное строение белка. Здесь и далее до рис.6 цепи белка окрашены от N-конца к С-концу(от синего к красному).
рисунок 2. Цепи B, D, F, H, J, L, N, P, R, T, V, X
рисунок 3. Цепи A, C, E, G, I, K, M, O, Q, S, U, W
рисунок 4. Цепь А
рисунок 5. Цепь В
рисунок 6. Пространственное строение с небелковыми молекулами. Красные точки-вода, белый-хлорид-анион, в молекуле 1,2 этиленгликоля атомы углерода серые, кислорода-красные.
Анализ структуры альфа-спиралей и бета-листов в цепи А белка с кодом PDB 2NV2
Имел место анализ альфа-спирали, образованной аминокислотными остатками с 28 по 38 и крупного бэта-листа в цепи А. Ниже представлены эти структуры
рисунки 7 и 8. Желтым обозначен бэта-лист, зелёным-альфа спираль. Числами обозначены номера аминокислотных остатков на концах спирали и каждого тяжа в составе бэта-листа
Из рисунка 9 видно, что на отрезке в 1,089 нм альфа спираль совершает два витка=>средний шаг спирали составляет 5,445 ангстрем. На рисунке 10 показано, что в 2 витках спирали 9 аминокислот=> количество остатков, приходящихся на один виток равно 3,5. Как следует из рисунка 11, остаток с номером n образует водородные связи с остатками n+4 и n-4.
рисунки 9, 10 и 11. Структура альфа-спирали.
На рисунке 12 видно, что в бэта-слое присутствуют исключительно параллельные тяжи(N-конец одного тяжа соответствует N-концу другого-лежит параллельно). Лист свернут в кольцо(цилиндр).
рисунок 12. Структура бэта листа.
Внутримолекулярные взаимодействия боковых групп белка 2NV2
В белке были обнаружены остатки цистеина, однако наличие дисульфидных мостиков выявлено не было.
рисунок 13. Атомы раскрашены в соответствии с химическим элементом, которому они принадлежат. Молекулы цистеина обозначены крупными шарами
Остатки глутаминовой и аспарагиновой кислот в белке образуют солевые мостики с лизином и аргинином. Такие мостики в цепи А представлены на рисунке 14.
рисунок 14.Солевые мостики в цепи А. Атомы, участвующие в образовании солевых мостиков представлены шарами.
Рисунок 15 наглядно отражает геометрическое расположение молекул при образовании солевого мостика. Связь возникает в результате электростатического притяжения атома азота, несущего положительный заряд, и атома кислорода , несущего отрицательный заряд.
рисунок 15. Солевой мостик между остатками GLU 89 и ARG 83 в цепи G.