Лиганды в структуре 2NV2
Белок 2NV2 состоит из 24 цепей, среди которых можно выделить два типа: pdxT и pdxS. pdxS-субъединицы содержат в себе лиганды. Это ионы хлора, по одному в каждой субъединице, и молекулы этиленгликоля(этандиол) от одной до двух в каждой субъединице.
Рисунок 1. Структура белка с лигандами.
Легко заметить, что белок во много раз превышает по размерам свои лиганды. На рисунке 2 показаны измерения для одной цепи (С).
Рисунок 2. Субъединица С с лигандами. Лиганды подписаны(EDO соответсвует этиленгликолю).
Субъединицы pdxS условно имеют длину 5,649 нм (56,49 ангстрем или 5,649х10^(-9) м) 5 ширину 4,125 нм (41,25 ангстрем или 4,125х10^(-9) м) и 3,363 (33,63 ангстрем или 3,363х10^(-9) м) нм в высоту.
Молекулы же этиленгликоля имеют расстояние всего 0,267 нм или 0,356 нм (2,67 и 3,58 ангстрем или 0,267х10^(-9) и 0,356х10^(-9) м соответсвенно) между концевыми атомами кислорода.
Анализ области контакта белка из структуры PDB 2NV2 и лиганда EDO
Для исследования была выбрана субъединица G, содержащая лиганды. Детально рассмотрен этиленгликоль (EDO),атомы которого обозначены на предыдущем рисунке сферами, раскрашенными в соответствии с принадлежностью к химическому элементу(серый углерод и красный кислород). Этандиол имеет как гидрофильную часть – 2 ОН группы, так и гидрофобную,собственно углеродный скелет. В связи с этим лиганд удерживается водородными связями с водой или аминогруппой аминокислотного остатка, а также гидрофобными взаимодействиями углеродных скелетов аминокислотных остатков и лиганда. Все это хоршо видно рисунках 3,4. На 4 рисунке приведена схема всех связей и взаимодействий в системе белок-лиганд. Стоит отметить что водородные связи на этой схеме лиганд образует исключительно с водой.
Рисунок 3. Связь лиганда EGO с белком в структуре 2NV2. Более крупными сферами показаны аминокислоты, которые контактируют с этиленгликолем, более мелкими-сам лиганд. Самыми маленькими красными шариками обозначена вода.
Рисунок 4. Схема взаимодействия аминокислотных остатков белка и воды с лигандом.
Для получения в Jmol всех приведенных выше изображений можно воспользоваться этим скриптом