Командная оболочка bash
bash — одна из наиболее популярных современных разновидностей командной оболочки UNIX. Особенно популярна в среде Linux, где она часто используется в качестве предустановленной командной оболочки.
В bash процесс взаимодействия с пользователем выполняется в терминах записи и чтения в файл. То есть вывод на экран представляется как запись в файл, а ввод — как чтение файла. Файл, из которого осуществляется чтение, называется стандартным потоком ввода, а в который осуществляется запись — стандартным потоком вывода. Кроме потоков ввода и вывода, существует еще и стандартный поток ошибок, на который выводятся все сообщения об ошибках и те информативные сообщения о ходе работы программы, которые не могут быть выведены в стандартный поток вывода.
Стандартные потоки привязаны к файловым дескрипторам с номерами 0, 1 и 2.
- Стандартный поток ввода (stdin) — 0;
- Стандартный поток вывода (stdout) — 1;
- Стандартный поток ошибок (stderr) — 2.
Вывод данных на экран и чтение их с клавиатуры происходит потому, что по умолчанию стандартные потоки ассоциированы с терминалом пользователя. Это не является обязательным — потоки можно подключать к чему угодно — к файлам, программам и даже устройствам. В командном интерпретаторе bash такая операция называется перенаправлением.
< файл | Использовать файл как источник данных для стандартного потока ввода. |
> файл | Направить стандартный поток вывода в файл. Если файл не существует, он будет создан; если существует — перезаписан сверху. |
2> файл | Направить стандартный поток ошибок в файл. Если файл не существует, он будет создан; если существует — перезаписан сверху. |
>>файл | Направить стандартный поток вывода в файл. Если файл не существует, он будет создан; если существует — данные будут дописаны к нему в конец. |
2>>файл | Направить стандартный поток ошибок в файл. Если файл не существует, он будет создан; если существует — данные будут дописаны к нему в конец. |
&>файл или >&файл | Направить стандартный поток вывода и стандартный поток ошибок в файл. |
| программа | Направить стандартный поток вывода в программу. |
Ряд символов вопринимается интерпретатором командной строки bash не буквально, а как указания произвести некоторые операции. Это следующие символы:
> | перенаправление вывода |
< | перенаправление ввода |
&1 | указатель на поток 1(stdout). Если после >& ничего не стоит, то подразумеваются оба выводных потока |
/ | корень файловой системы |
./ | текущая директория |
../ | родительская директория |
~/ | домашняя директория |
* | набор из любых символов |
'текст' | все символы (кроме, естественно, самой одинарной кавычки) воспринимаются буквально |
! | вызов команды из журнала |
; | разделяет строку на последовательно выполняемые команды |
Например:
ls -l | wc -l > /documents/work/file.txt
Вывели построчно содержимое текущей папки, посчитали количество этих строк и перенаправили результат в файл fail.txt, лежащий в поддериктории work директории documents.
Программный пакет Emboss
EMBOSS(акроним European Molecular Biology Open Software Suite)-бесплатный пакет программного обеспечения, специально разработанный для нужд молекулярной биологии и биоинформатики.
infoseq-команда выводящая краткую информацию о последовательности, такую как: Uniform Sequence Address, название, код доступа, тип(белок/нуклеиновая кислота), длина, процент пар Ц+Г, описание.
Синтаксис команды следующий: infosec [имя базы данных]: [идентификатор в этой базе]
Опция | Описание |
-outfile | Ввести имя файла в который программа запишет найденную информацию |
-html | Вывести информацию в виде таблицы HTML |
-only | Вывести только указанный далее параметр |
-heading | Показать заголовки таблицы|
-usa | Показать Uniform Sequence Address |
-name | Показать название |
-accession | Показать код доступа |
-type | Показать тип |
-length | Показать длину |
-pgc | Показать процент Г+Ц пар |
-description | Показать описание |
-help | Вывести описание программы и всех опций |
Пример:
infoseq sw:pdxt_bacsu -only -name -accession -length -html
Display basic information about sequences
Name | Accession | Length |
---|---|---|
PDXT_BACSU | P37528 | 196 |