Командная оболочка bash

bash — одна из наиболее популярных современных разновидностей командной оболочки UNIX. Особенно популярна в среде Linux, где она часто используется в качестве предустановленной командной оболочки.

В bash процесс взаимодействия с пользователем выполняется в терминах записи и чтения в файл. То есть вывод на экран представляется как запись в файл, а ввод — как чтение файла. Файл, из которого осуществляется чтение, называется стандартным потоком ввода, а в который осуществляется запись — стандартным потоком вывода. Кроме потоков ввода и вывода, существует еще и стандартный поток ошибок, на который выводятся все сообщения об ошибках и те информативные сообщения о ходе работы программы, которые не могут быть выведены в стандартный поток вывода.

Стандартные потоки привязаны к файловым дескрипторам с номерами 0, 1 и 2.

Стандартный поток ввода (stdin) — 0;
Стандартный поток вывода (stdout) — 1;
Стандартный поток ошибок (stderr) — 2.

Вывод данных на экран и чтение их с клавиатуры происходит потому, что по умолчанию стандартные потоки ассоциированы с терминалом пользователя. Это не является обязательным — потоки можно подключать к чему угодно — к файлам, программам и даже устройствам. В командном интерпретаторе bash такая операция называется перенаправлением.

< файл	Использовать файл как источник данных для стандартного потока ввода.
> файл	Направить стандартный поток вывода в файл. Если файл не существует, он будет создан; если существует — перезаписан сверху.
2> файл	Направить стандартный поток ошибок в файл. Если файл не существует, он будет создан; если существует — перезаписан сверху.
>>файл	Направить стандартный поток вывода в файл. Если файл не существует, он будет создан; если существует — данные будут дописаны к нему в конец.
2>>файл	Направить стандартный поток ошибок в файл. Если файл не существует, он будет создан; если существует — данные будут дописаны к нему в конец.
&>файл или >&файл	Направить стандартный поток вывода и стандартный поток ошибок в файл.
\| программа	Направить стандартный поток вывода в программу.

Ряд символов вопринимается интерпретатором командной строки bash не буквально, а как указания произвести некоторые операции. Это следующие символы:

>	перенаправление вывода
<	перенаправление ввода
&1	указатель на поток 1(stdout). Если после >& ничего не стоит, то подразумеваются оба выводных потока
/	корень файловой системы
./	текущая директория
../	родительская директория
~/	домашняя директория
*	набор из любых символов
'текст'	все символы (кроме, естественно, самой одинарной кавычки) воспринимаются буквально
!	вызов команды из журнала
;	разделяет строку на последовательно выполняемые команды

Например:
ls -l | wc -l > /documents/work/file.txt
Вывели построчно содержимое текущей папки, посчитали количество этих строк и перенаправили результат в файл fail.txt, лежащий в поддериктории work директории documents.

Программный пакет Emboss

EMBOSS(акроним European Molecular Biology Open Software Suite)-бесплатный пакет программного обеспечения, специально разработанный для нужд молекулярной биологии и биоинформатики.
infoseq-команда выводящая краткую информацию о последовательности, такую как: Uniform Sequence Address, название, код доступа, тип(белок/нуклеиновая кислота), длина, процент пар Ц+Г, описание.
Синтаксис команды следующий: infosec [имя базы данных]: [идентификатор в этой базе]

Таблица дополнительных опцийПоказать заголовки таблицы

Опция	Описание
-outfile	Ввести имя файла в который программа запишет найденную информацию
-html	Вывести информацию в виде таблицы HTML
-only	Вывести только указанный далее параметр
-heading
-usa	Показать Uniform Sequence Address
-name	Показать название
-accession	Показать код доступа
-type	Показать тип
-length	Показать длину
-pgc	Показать процент Г+Ц пар
-description	Показать описание
-help	Вывести описание программы и всех опций

Пример:
infoseq sw:pdxt_bacsu -only -name -accession -length -html
Display basic information about sequences

Name	Accession	Length
PDXT_BACSU	P37528	196