Поисковая система SRS
Некоторые особенности аминокислотной последовательности белка PDXT_BACSU
- 1. C 106 по 109 АК цепь делает поворот
ID PDXT_BACSU_18; parent: PDXT_BACSU
FT TURN 106 109
SQ Sequence 4 AA;
RNSF // - 2. С 114 по 120 АК имеется бета-тяж
ID PDXT_BACSU_20; parent: PDXT_BACSU
FT STRAND 114 120
SQ Sequence 7 AA;
DSFEADL // - 3. С 178 по 193 АК тянется самая длинная альфа-спираль
ID PDXT_BACSU_27; parent: PDXT_BACSU
FT HELIX 178 193
SQ Sequence 16 AA;
RVTQLFVEMV EEYKQK //
Список трехмерных структур банка PDB
PDB:2NV0
PDB:2NV2
PDB:1R9G
Их описание, полученное с помощью банка SRS можно посмотреть Здесь
Таблица встеречаемости в SwissProt белков из Firmicutes , имеющих функцию, сходную с функцией белка XXXXXXXXXXX из Bacillus subtilis
| Формулировка функции белка | Строка запроса | Количество найденных документов |
|---|---|---|
| Глутамин амидотрансфераза субъединица pdxt(исходя из описания белка) исключая фрагменты | ([swissprot-Taxonomy:firmicutes*] & (((([swissprot-Description:Glutamine*] & [swissprot-Description:amidotransferase*]) & [swissprot-Description:subunit*]) & [swissprot-Description:PdxT*]) ! [swissprot-Description:fragments*])) | 86 |
| -//-//- включая фрагменты | ([swissprot-Taxonomy:firmicutes*] & ((([swissprot-Description:Glutamine*] & [swissprot-Description:amidotransferase*]) & [swissprot-Description:subunit*]) & [swissprot-Description:PdxT*])) | 86 |
| Глутамин амидотрансфераза глутаминаза субъединица pdxt (более развернутое имя) исключая фрагменты и белки принадлежащие бактериям рода Bacillus | (([swissprot-Taxonomy:firmicutes*] ! [swissprot-Taxonomy:bacillus*]) & ((((([swissprot-Description:Glutamine*] & [swissprot-Description:amidotransferase*]) & [swissprot-Description:subunit*]) & [swissprot-Description:PdxT*]) & [swissprot-Description:glutaminase*]) ! [swissprot-Description:fragments*])) | 63 |
Информация о 10 из 86 белков, найденных по запросу:([swissprot-Taxonomy:firmicutes*] & (((([swissprot-Description:Glutamine*] & [swissprot-Description:amidotransferase*]) & [swissprot-Description:subunit*]) & [swissprot-Description:PdxT*]) ! [swissprot-Description:fragments*])) была сохранена:
В формате FASTA
В виде таблицы
Поле taxonomy банка swissprot
Следущие таксоны начинаются на "bacil" :
bacillaceae
bacillales
bacillariaceae
bacillariales
bacillariophyceae
bacillariophycidae
bacillariophyta
bacilli
bacillus