Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка в разных банках
Таблица 1. Результаты поиска гипотетических гомологов белка XXXX_BACSU
| Поиск по Swiss-Prot | Поиск по PDB | Поиск по "nr" | ||
1. Лучшая находка (с последовательностью исходного белка) |
||||
| Accession | P37528.1 | 2NV0_A | NP_387893.1 | |
| E-value | 6e-141 | 5e-142 | 3e-139 | |
| Вес (в битах) | 398 | 398 | 398 | |
| Процент идентичности | 100% | 100% | 100% | |
2. Число находок с E-value < 10–10 |
201 | 9 | 1540 | |
3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1) |
||||
| Номер находки в списке описаний | 467 | 19 | 3045 | |
| Accession | B9L0W3.1 | 4GUD_A | ZP_09786609.1 | |
| E-value | 0.94 | 0.80 | 0.99 | |
| Вес (в битах) | 33.5 | 30 | 38.1 | |
| % идентичности | 25% | 25% | 32% | |
| % сходства | 68% | 85% | 37% | |
| Длина выравнивания | 527 | 211 | 226 | |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) | запрос: 41-174 находка: 64-186 |
запрос: 19-186 находка: 21-203 |
запрос:15-87 находка:19-94 |
|
| Число гэпов | 27 | 35 | 13 | |