Поиск мотивов (блоков достоверного выравнивания) среди гомологов белка PDXT_BACSU

C помощью программы множественного локального выравнивания МЕМЕ (команда емеме пакета EMBOSS) были получены три блока достоверного выравнивания (мотива) для гомологов белка PDXT_BACSU. Результаты приведены на этой странице и в таблице ниже:

Таблица 1. Результаты поиска блоков среди гомологов PDXT_BACSU

Мотив Сколько последовательностей его содержит (всего 36) Длина E-value LOGO
MOTIF 1 все 31 6.7e-548
MOTIF 2 все 29 3.8e-424
MOTIF 3 все 21 1.7e-327
С помощью JalView полученные выравнивания были сопоставлены с множественным выравниванием гомологов PDXT_BACSU. Полученный проект можно скачать здесь. Полученные мотивы практически совпали с множественным выравниванием, в чем можно убедиться с помощью скриншота. У 1 и 2 мотивов, однако, имеются маленькие отличия от множественного выранивания. В отличие от превого мотива, у множественного выравнивания имеется колонка ГЭПов, которая образовалась из-за того, что у одного белка из выборки есть один лишний аминокислотный остаток в том положении. В случае со вторым мотивом, у множественного выравнивания имеются две колонки ГЭПов, получившиеся из-за вставки двух аминокислот в два белка выборки. В обоих случаях белки с лишними аминокислотными остатками в мотиве присутствуют, но аминокислоты после втсавочных не совпадают с колонкой в которой они оказались. Во втором мотиве из относительно консервативных позиций после вставочных остатков имеется только одна, но в первом таких позиций несколько (втавка лишних почти в середину мотива), в том числе позиция, соответствующая одной из аминокислот активного центра (крайне консервативна), что говорит о том, что сервис Muscle в данном выравнивании более подходит. Помимо близлежащих консервативных колонок в отсутствие ГЭПа также должны быть вытеснены аминокислоты из всех следующих блоков.Вероятно, расхождения вызваны различиями в алгоритмах MEME и Muscle: MEME делает ЛОКАЛЬНОЕ выравнивание, в то время, как muscle находит выравнивание с наибольшим весом для всех последовательностей ЦЕЛИКОМ. Третий мотив с множественным выравниванием полностью совпадает.

Поиск найденных мотивов в других последовательностях


Я провел программой MAST (команда emast пакета EMBOSS) поиск мотивов, найденных программой MEME, в последовательностях, из которых составлено выравнивание (seed) домена SNO белка PDXT_BACSU, взятое из Pfam. C результатами можно ознакомиться по этой ссылке. Все 4 последовательности из выравнивания содержат все 3 мотива. Выравнивание из Pfam соответствует мотивам.