Сравнительный анализ двух ортологов белка pdxt_bacsu
Ортологичными принято называть две гомологичные последовательности в том случае, если они разделились в процессе видообразования, например: ген существует у некоего вида, который дивергирует с образованием двух видов, тогда копии этого гена у дочерних видов называются ортологами.
Мною было проведено сравнение глутамин амидотрансферазы бактерии Bacillus subtilis (штамм 168) с двумя его ортологами: теми же белками Bacillus anthracis (штамм A0248) и Bacillus licheniformis (штамм DSM 13 / ATCC 14580). Они были найдены в базе данных Uniprot по запросу taxonomy:bacillus and gene:pdxt В данной таблице предсталены результаты анализа. Полные записи белков были получены с помощью команды entret программного пакета EMBOSS. Белок и его ортологи весьма схожи: их длины одинаковы, они выполняют одинаковую функцию, кодируются одинаковыми генами. Однако структура ортологов ещё не полностью описана: записи о них появились сравнительно недавно, отсутствуют 3D структуры и само их существование не доказано, а определятся исходя из гомологии.
Ответы на некоторые вопросы о белке pdxt_bacsu:
- l. Опишите функцию и состав комплекса, в который входит данный белок. Ответ: Белок глутамин амидотрансфераза(субъединица PdxT) вместе с лиазой биосинтеза пиридоксали(субъединица PdxS) образуют комплекс ферментов, именуемый синтаза пиридоксаль-5'-фосфата. Субъединица PdxT гидролизует глутамин до глутамата и аммония. Последний, в свою очередь, передается на субъединицу PdxS, которая встраивает его в пиридиновое кольцо витамина B6.
- m. Получите последовательность 2-й альфа-спирали, используя команду seqret пакета EMBOSS. Ответ: PEQLNE получено по команде: seqret -sbegin 33 -send 38 sw:pdxs_bacsu, поскольку в соответствии с записью Uniprot вторая альфа-спираль расположена между 33 и 38 амнокислотными остатками включительно.
- n. Получите последовательность 3-го бета-тяжа, используя команду seqret пакета EMBOSS. Ответ: AGLVV получено по команде: seqret -sbegin 26 -send 30 sw:pdxs_bacsu, поскольку в соответствии с записью Uniprot третий бета-тяж расположен между 26 и 30 амнокислотными остатками включительно.